Metody diagnostyczne/programowanie

Programowanie w ImageJ

Zadanie 1

Mamy obraz rtg płuc w formacie jpg, w 8-bitowej skali szarości. Zauważyliśmy, że punkty tła mają wartość mniejszą niż 10. Chcielibyśmy na tej podstawie ustalić, jaki procent na obrazie stanowi tło. W tym celu sprawdzamy po kolei wszystkie punkty obrazu i jeśli któregoś wartość jest mniejsza niż wartość graniczna, zliczamy go.

Zadanie 2

Mamy obraz w formacie dicom przedstawiający jedną warstwę CT (można wybrać dowolny z obrazów, na których pracowaliśmy na zajęciach). Chcielibyśmy sprawdzić, gdzie na tym obrazie znajduje się najjaśniejszy obszar. Moglibyśmy zrobić to tak, że podzielilibyśmy obraz na 10x10=100 mniejszych obrazków, w każdym z nich sprawdzilibyśmy sumę wartości wszystkich punktów i wskazalibyśmy współrzędne obrazka o największej wartości sumy. Na koniec wybrana część obrazka powinna zostać zaznaczona.

Hint: Należy zrobić pętlę, w której 100 razy zaznaczy się coraz to inny obszar, sprawdzi się sumę w nim i czy jest większa niż największa dotąd znaleziona wartość, a jeśli tak, to nową wartość zapamięta wraz z jej współrzędnymi. Pamiętaj: komendy w ImageJ kończy się zawsze średnikiem, a komentarze zaczyna się //

open(path)
Otwiera obraz o tytule podanym w ścieżce.

makeRectangle(x, y, width, height)
Zaznacza obszar prostokątny o lewym górnym rogu w punkcie x,y, szerokości width i wysokości height. Np.: 
makeRectangle(10,10,50,50);

getStatistics(area, mean, min, max, std, histogram)
Wywołanie tego polecenia spowoduje, że w zmiennej mean zostanie zapisana średnia wartość pikseli w zaznaczeniu.

getWidth()
Zwraca szerokość obrazu w pikselach. Np.: 
szer=getWidth();

getHeight()
Zwraca wysokość obrazu w pikselach.

getPixel(x, y)
Zwraca wartość piksela o współrzędnych (x,y).

floor(x) 
Zwraca wartość x zaokrągloną w dół. Np. 
n=floor(128/10); //zwróci wartość 12.

print(args)
Wypisuje wyliczoną wartość lub wartości. Np. jeśli wartość n to 5, wówczas
print(„Wynik ”, n); //wypisze Wynik=5

Przykład pętli iterującej n od 0 do 5:
for (n=0; n<=5; n++) {
  print n; //lista komend
}

Przykład instrukcji warunkowej:
if (n<100) {
	print n;
}

Zadanie 3

Chcemy podzielić obraz na kwadraty o boku n pikseli i w każdym z nich znaleźć średnią wartość gradientu. Gradient to wektor o dwóch współrzędnych. Pierwsza współrzędna może być oszacowana jako różnica między wartością danego piksela a piksela po lewej stronie od niego, druga jako różnica wartości danego piksela i piksela ponad nim. Wynik obliczeń ma zostać przedstawiony jako osobny obraz, na którym w każdym kwadracie zostanie wyrysowany odcinek o długości n i nachyleniu zgodnym z gradientem. Wartość gradientu może zostać zobrazowana jasnością lub jeszcze lepiej kolorem odcinka.

Przydadzą się do tego następujące komendy:

a=newArray(n); //tworzy jednowymiarową tablicę o długości n
//W ImageJ nie istnieją tablice wielowymiarowe. 
//Ale tablicy 1-D można użyć jako 2-D odpowiednio adresując jej komórki. 
//Np. gdybyśmy chcieli mieć tablicę o wymiarach nx na ny, stworzylibyśmy ją:
tabl=newArray(nx*ny);
//Wypisanie wartości elementu tablicy o współrzędnych i, j wykonalibyśmy: 
print (tabl[i+ny*j]);

//Nowy obraz tworzy się:
newImage(tytul, typ, szerokosc, wysokosc, grubosc);
//Typ to może być np. "8-bit". "8-bit black" oznacza, że na początku piksele wszystkie będą czarne.