Tekst źródłowy strony "Programowanie dla Fizyków Medycznych"/imageJ 1

==Jak używać programu ImageJ?==

Program ImageJ jest użyteczny nie tylko ze względu na możliwość otworzenia i zobaczenia zdjęcia diagnostycznego. To program, który pozwala na edycję obrazów oraz ich analizę. Bardzo ważną cechą jest również dostosowanie do potrzeb użytkownika przez możliwość dodawania potrzebnych wtyczek czy makra.


===Podstawowe informacje===

<figure id="uid44">

<table class="wikitable">
	<tr>
		<td><b>Instalacja:</b></td>

		<td>Program można pobrać bezpośrednio ze strony: http://imagej.nih.gov/ij/</td>

	</tr>
	<tr>
		<td><b>Konfiguracja pamięci:</b></td>

		<td>ImageJ jest aplikacją napisaną w Javie. Aby uruchomić program napisany</td>

	</tr>
	<tr>
		<td></td>

		<td>w Javie trzeba wcześniej zdefiniować ilość pamięci. Robi się to wybierając</td>

	</tr>
	<tr>
		<td></td>

		<td>z menu <i>Edit<math>></math>Options<math>></math>Memory & Threads</i>.</td>

	</tr>
	<tr>
		<td><b>Uaktualnienia:</b></td>

		<td>Najnowszą wersją w chwili obecnej jest ImageJ 1.47m. Aby sprawdzić</td>

	</tr>
	<tr>
		<td></td>

		<td>aktualną wersję programu należy skorzystać z menu <i>Help<math>></math>About ImageJ</i>.</td>

	</tr>
	<tr>
		<td></td>

		<td>Żeby dokonać uaktualnienia trzeba wybrać z menu <i>Help<math>></math>Update ImageJ</i>.</td>

	</tr>
</table>
</figure>


====ImageJ - katalogi====

Katalog, w którym został zainstalowany ImageJ, zawiera dodatkowo następujące elementy:

<ul>

	<li>
	plik <b>ij.jar</b> –czyli program ImageJ. Podczas uaktualnienia plik ten jest zastępowany na nowy.


	<li>
	plik <b>ImageJ.cfg</b> – ten plik zawiera konfigurację pamięci dla ImageJ.


	<li>
	katalog <b>macros</b> – ten katalog zawiera makra czyli małe programy napisane w specjalnym języku do tego stworzonym.


	<li>
	katalog <b>plugins</b> – ten katalog zanier wtyczki, które pozwalają na większą funkcjonalność programu. Wtyczki, które się w nim znajdują można znaleźć również w menu <i>Plugins</i>.

</ul>



<b>Zadanie 3.</b> W katalogu macros znajdź plik <i>Mandelbrot.txt</i> i przeciągnij go do okna głównego programu ImageJ. Co się stanie w tej sytuacji?

a). Jeśli wykonamy to makro używając polecenia <i>Macros<math>></math>Run Macro</i> z menu, to co otrzymamy?

b). Zapisz makro Mandelbrot.txt pod nazwą Mandelbrot_.txt w katalogu ImageJ/plugins/Examples. Możesz użyć polecenia z editor makro <i>File<math>></math>Save As….</i> Zamknij wszystkie otwarte okna w ImageJ. Żeby odświeżyć wtyczki należy wybrać z menu <i>Help<math>></math>Refresh Menus</i>. Wykonaj makro używając polecenia z menu <i>Plugins<math>></math>Examples<math>></math>Mandelbrot</i>.

c) Przytrzymując klawisz shift, wybierz <i>Plugins<math>></math>Examples<math>></math>Mandelbrot</i>. Co się stało?

<b>Rozwiązanie</b>



<figure id="uid50">

[[File:mandelbrot.png|500px|thumb|center|]]

[[File:makro-edytor.png|500px|thumb|center|]]


</figure>

====Otwieranie plików====

Istnieją dwie możliwości otwierania plików graficznych. Można użyć polecenia z menu <i>File<math>></math>Open…</i> (<i>ctrl+o</i>) lub przeciągnąć plik bezpośrednio z katalogu do głównego okna programu (ang. ImageJ launcher window).

<b>Zadanie 4.</b> Używamy katalogu <b>WMD_2017</b> na pulpicie.

a). Otwórz zdjęcie <b>dapi.tif</b> z tego katalogu. Spróbuj różnych możliwości otwierania plików w programie ImageJ. Wypróbuj kombinację klawiszy: <i>ctrl+shift+o</i>. Jaka jest funkcja tego polecenia? Otwórz jednocześnie kilka zdjęć.

b). Otwórz obrazy z katalogu <b>\WMD_2017\LADJAN_MRI\t1_vibe_tra - 3</b> przez przeciągnięcie tego katalogu do okna głównego ImageJ. Następnie otwórz je za pomocą <i>File<math>></math>Import<math>></math>Image Sequence…</i>.

c). Otwórz ten sam plik dwukrotnie. Co się dzieje z tytułem zdjęcia?

d). Otwórz zdjęcie <b>cafe.lsm</b>. Zdjęcie jest przykładem tzw. hyperstack. Składa się ono z dwóch warstw. Numer kanału jest wyświetlany na górze/dole zdjęcia. Wykorzystaj polecenie: <i>Run Image<math>></math>Color<math>></math>Channels Tool…</i> i zmień parametry wyświetlania.

e). Spróbuj otworzyć zdjęcie <b>FC green-40X sec.ics</b>.



<b>Zadanie 5.</b> Za pomocą programu ImageJ otwórz plik z katalogu DICOM: MonochromeSample.dcm. Odczytaj i zinterpretuj informacje zawarte w Dicom-Meta-Information-Header.

<b>Rozwiązanie</b>



[[File:mono-dicom-meta.png|700px|thumb|center|<figure id="uid52" />Widok zdjęcia i pliku meta w ImageJ.]]

===Ważne narzędzia===

Podstawowe funkcje dostępne w programie ImageJ będą dyskutowane z użyciem odpowiednich przykładów bez wstępu teoretycznego.


====Piksele, powiększanie, przewijanie====

<b>Zadanie 6.</b> Sprawdź następujące funkcje z użyciem pliku <b>duck.bmp</b>:

<ul>

	<li>
	niektóre informacje dotyczące zdjęcia znajdują się w górnej części okna: rozmiar zdjęcia w pikselach (np. 650 x 515), rodzaj (np. 8-bit) i rozmiar zdjęcia w pamięci komputera (np. 327K);


	<li>
	powiększanie/zmniejszanie jest możliwe na dwa sposoby: klikając w lupę znajdującą się w pasku głównym lub używając “+” i “-” z klawiatury;


	<li>
	jeśli obraz jest większy niż okno, to w górnym lewym rogu pojawia się wskaźnik pozycji;


	<li>
	po powiększeniu obrazu i pojawieniu się wskaźnika pozycji, przewijanie zdjęcia jest możliwe za pomocą narzędzia do przewijania (symbol łapki w pasku głównym); po wybraniu opcji należy kliknąć na obraz i bez odrywania myszy przesuwać po obrazie;


	<li>
	inną możliwością przewijania obrazu jest użycie klawisza spacji; korzyścią tego sposobu jest to, że jednocześnie możemy używać innych funkcji z paska głównego;


	<li>
	na pasku postępu (tuż pod paskiem głównym) znajduje się aktualna pozycja piksela, na który wskazujemy myszą oraz wartość tego piksela, np. w skali szarości (mogą być to trzy wartości w przypadku RGB).

</ul>

<b>Zadanie 7.</b> Otwórz plik <b>dapi.tif</b> z katalogu <b>podstawowe_info</b>.

<b>a).</b> Jakie jest największe możliwe powiększenie zdjęcia, a jakie największe zmniejszenie?

<b>b).</b> Jaka jest wartość piksela w skali szarości dla współrzędnych <math>x=32</math> i <math>y=456</math>? Jaka jest ta wartość dla <math>x=429</math> i <math>y=125</math>?

<b>c).</b> Jaka jest szerokość i wysokość obrazu? Jaki to typ i ile miejsca zajmuje w pamięci komputera?

<b>d).</b> Przesuń mysz na obraz. W którym kierunku wartości współrzędnej <math>x</math> rosną? Jak to jest w przypadku drugiej współrzędnej? Narysuj układ współrzędnych.

<b>e).</b> Możliwa jest zmiana orientacji osi <math>y</math> używając polecenia <i>Analyze<math>></math>Set Measurements</i>, a następnie wybierając opcję <i>Invert <math>Y</math> coordinates</i>. Przesuń mysz na obraz ponownie. Jak teraz wygląda układ współrzędnych?

<b>Rozwiązanie:</b>

<b>a).</b> <b>max 3200%, min 3.1%</b>

<b>b).</b> <b>1, 239</b>

<b>c).</b> <b>650x515, 8-bit, 327K</b>

<b>d).</b> <b>w prawo, w dół</b>

<b>e).</b> <b>w prawo, w górę</b>

====Zaznaczanie obszaru====


Do zaznaczania obszaru służy narzędzie oznaczone jako prostokąt w głównym pasku programu. Jeśli jest on aktywny, możemy klikając na punkt na zdjęciu i przesuwając myszą zaznaczyć interesujący nas obszar. Podczas tej czynności na pasku postępu pojawiają się informacje o szerokości, wysokości oraz współczynnik proporcjonalności obrazu. Żeby zakończyć zaznaczanie obszaru należy uwolnić mysz. Nawet po zwolnieniu myszy można edytować zaznaczony rejon.

<b>Zadanie 8.</b> Wszystkie czynności wykonuj na otworzonym już pliku <b>dapi.tif</b>.

<b>a).</b> Wybierz z paska głównego symbol prostokąta i zaznacz dowolne pole. Następnie zmień jego rozmiar. Znajdź w manualu, znajdującym się w [https://imagej.nih.gov/ij/docs/guide/146-Part-VI.html], skróty klawiszowe związane z opcją zaznaczenia i napisz do czego one konkretnie służą. Wypróbuj je.

<b>b).</b> Sprawdź, jaka jest rola klawisza <i>shift</i> i <i>alt</i>, gdy chcemy zaznaczyć kolejny obszar. Przesuń stworzony przez siebie obszar (obszar powinien składać się z kilku elementów).

<b>c).</b> Zmień kolor zaznaczenia na magenda (<i>Edit<math>></math>Options<math>></math>Colors</i>).

<b>d).</b> Kliknij prawym przyciskiem myszy na symbol prostokąta na pasku głównym i wybierz opcję <i>rounded rectangle</i>. Jaki teraz kształt ma wybrany obszar? Żeby zmienić ustawienie koloru dla <i>rounded rectangle</i>, wystarczy dwa razy kliknąć przycisk na pasku głównym.

<b>e).</b> Po podwójnym kliknięciu na przycisk <i>rounded rectangle</i> zmień wartość promienia zakrzywienia. Zaznacz kilka obszarów z różnymi kantami.

<b>f).</b> Przećwicz używanie pozostałych narzędzi do zaznaczania łącznie z rysowaniem własnoręcznym. Zauważ, że podczas jego używania wystarczy uwolnić mysz w pobliżu początku zaznaczania, a obszar zamknie się automatycznie.

<b>g).</b> Po zaznaczeniu obszaru użyj polecenia <i>Image<math>></math>Crop</i>. Co się stało? Żeby wrócić do poprzedniej wersji zdjęcia, należy użyć polecenia <i>File<math>></math>Revert</i> (<i>ctrl+r</i>). Zaznacz obszar ponownie i użyj polecenia <i>Image<math>></math>Duplicate</i> (<i>shift+d</i>). Co się stało tym razem?

<b>Rozwiązanie:</b>

<b>a).</b> Shift - zaznaczenie ogranicza się do kwadratu

Alt - zmiana rozmiaru, ale zaznaczenie jest przez cały czas zaczepione w jednym miejscu

Ctrl - zaznaczenie zmienia rozmiar wokół środka

Ctrl Alt - zmiana rozmiaru przy zachowanych proporcjach

<b>g).</b> <i>Image<math>></math>Crop</i> wycina obraz do rozmiarów zaznaczenia. <i>Image<math>></math>Duplicate</i> tworzy nowy obraz tylko z zaznaczeniem.

====Pomiar i tabele z wynikami====

Polecenie <i>Analyze<math>></math>Measure</i> (<i>ctr+m</i>) pozwala na pomiar parametrów całego obrazu lub zaznaczonego obszaru. Korzystając z polecenia <i>Analyze<math>></math>Set Measurements</i>, mamy możliwość wybrania wielkości, które zostaną zmierzone. Wartości te są zapisywane i wyświetlane z tabeli z wynikami globalnymi.

<b>Zadanie 9.</b> W dalszym ciągu korzystamy z pliku <b>dapi.tif</b>.

<b>a).</b> Zaznacz własnoręcznie obszar jądra, a następnie zmierz jego powierzchnię i średnią wartość w skali szarości. Powtórz to samo dla kilku jąder. Jak zmienią się wyniki, jeśli powtórzymy procedury dla powiększonego zdjęcia?

<b>b).</b> Skorzystaj z polecenia <i>File<math>></math>Duplicate</i>, żeby zrobić kopię tabeli z wynikami. Zmierz nowe zaznaczenie. Do której tabeli został dopisany wynik?

<b>c).</b> Skorzystaj z polecenia <i>File<math>></math>Rename</i> i zmień nazwę oryginalnej tabeli z wynikami (Results <math>\rightarrow </math> old). Zmierz nowe zaznaczenie i sprawdź do której tabeli został dopisany pomiar.

<b>d).</b> Skasuj wszystkie wyniki poleceniem <i>Results<math>></math>Clear Results</i> i zmierz co najmniej 3 jądra ponownie. Jaka jest wartość średnia, odchylenie standardowe, wartość minimalna, maksymalna oraz rozkład wartości zmierzonych powierzchni? Użyj poleceń <i>Results<math>></math>Summarize</i> i <i>Results<math>></math>Distribution</i>, żeby dostać odpowiedzi.

<b>Rozwiązanie:</b>

<b>b).</b> i <b>c).</b> Nowe pomiary są dodawane do tabeli o nazwie <i>Results</i>. Jeśli takiego okna nie ma, to otwierane jest nowe.



====Linijka, profil i punkt====

Trzy możliwe opcje funkcji linijka są dostępne w programie: linia ciągła, linia łamana i dowolna linia rysowana przez użytkownika. W przypadku tworzenia linii ciągłej i łamanej na pasku postępu pojawia się długość rysowanej linii oraz kąt mierzony względem osi <math>x</math>.

<b>Zadanie 10.</b>

<b>a).</b> Użyj linii ciągłej, żeby oszacować odległość pomiędzy środkami najbliżej położonych jąder.

<b>b).</b> Użyj linii ciągłej, żeby oszacować średnice jąder.

<b>c).</b> Użyj linii łamanej, żeby oszacować obwód jąder.

<b>d).</b> Własnoręcznie narysuj linię, żeby oszacować obwód jąder.

<b>e).</b> Użyj narzędzia <i>Angle tool</i>, żeby oszacować kąty pomiędzy trzema najbliższymi jądrami.

Narzędzie linijka może być użyte to stworzenia profili. Profil zawiera intensywność wartości wzdłuż narysowanej linii. Procedura jest następująca: na początku rysujemy linię wzdłuż jądra, następnie kliknij klawisz k (skrót od <i>Analyze<math>></math>Plot profile</i>). Jeśli grubość linii jest większa niż 1, profil będzie uśredniony po szerokości. Żeby zmienić grubość linii, należy kliknąć dwukrotnie na symbol linii na pasku głównym programu.

<b>Zadanie 11.</b>

<b>a).</b> Użyj profilu, żeby oszacować średnicę jądra. Zauważ, że wykres jest obrazem samym w sobie, więc możesz do jego analizy możesz użyć narzędzi ImageJ. Czy jest jakaś korzyść z używania profili zamiast pomiaru średnicy na oryginalnym obrazie?

<b>b).</b> Stwórz profile wzdłuż jądra. Nie zmieniając żadnych dodatkowych parametrów, zmień grubość linii i stwórz kolejny wykres. Co się zmieniło?

<b>c).</b> Stwórz profile wzdłuż jądra, następnie wydłuż linię i stwórz kolejny profil. Jaka jest różnica pomiędzy profilami? Zmierz odległość pomiędzy dwoma punktami na wykresach. Czy wyniki, które otrzymałeś, są jednakowe? Wskazówka: popatrz na wielkość pikseli (<i>Image<math>></math>Properties</i>).

<b>d).</b> Stwórz profile wzdłuż jądra. Wybierz opcję <i>List</i> na dole okna profilu. Skopiuj wszystkie wartości (<i>ctrl+a</i>, żeby zaznaczyć wszystko i <i>ctrl+c</i>, żeby skopiować). Otwórz opcję <i>Curve Fitter</i> z menu <i>Analyze<math>></math>Tools<math>></math>Curve Fitting</i>. Skasuj wartości, które się tam znajdują i wklej wartości skopiowane (<i>ctrl+v</i>). Dopasuj rozkład Gaussa do punktów pomiarowych.

<b>Rozwiązanie:</b>

<b>a).</b> W zależności od ustawień wyświetlania obiektu może być on mniejszy lub większy. W profilu poziom tła jest często dobrze widoczny i pomiar średnicy powyżej niego jest możliwy.

<b>b).</b> Profil jest gładszy ponieważ jest uśredniony.

<b>c).</b> Profile mają różne rozmiary. Jakkolwiek mają również różne skale, więc pomiary korespondują z odległościami na oryginalnym obrazie. Czyli otrzymane wyniki powinny być takie same. Rozmiar piksela w obu profilach jest inny.

Do zliczania obiektów na zdjęciu służy polecenie zaznaczania punktu. Żeby dodać punkty, należy użyć klawisza shift lub narzędzie zaznaczania wielokrotnego punktów. Do kasowania punktów służy alt.

<b>Zadanie 12.</b>

<b>a).</b> Zaznacz trzy dowolne jądra, następnie dodaj punkt gdzieś w tle i kontynuuj z dodawaniem punktów w obszarze pozostałych jąder. Skasuj punkt z tła. Co się stało z numeracją zaznaczonych punktów?

<b>b).</b> Zachowaj zdjęcie z zaznaczonymi punktami w formacie tif (<i>File<math>></math>Save As<math>></math>Tiff</i>). Zamknij stare zdjęcie i otwórz to, które przed chwilą zachowałeś (<i>File<math>></math>Open</i>). Co się stało z zaznaczeniem? Czy możesz je modyfikować?

<b>c).</b> Sprawdź opcję pomiaru automatycznego, które uruchamia się poprzez dwukrotne kliknięcie na symbol punktu z paska głównego. Co ta opcja robi?

<b>d).</b> Czy można używać funkcji zaznaczania punktów z opcją <i>Auto-Measure</i> i <i>Auto-Next Slice</i>, żeby śledzić żółte cząstki w czasie z pliku <b>moving-particles.tif</b> z katalogu <b>narzedzia_1</b>?

====Tło i obsługa ROI====

Narzędzie o nazwie <i>magic wand</i> pozwala dokonać selekcji połączonych pikseli na zdjęciu. Istnieją dwie możliwości dokonania wyboru pikseli: piksele o tej samej intensywności (ewentualnie plus-minus tolerancja) lub piksele tła czyli wszystkie piksele o intensywnościach większych niż dana wartość minimalna lub o intensywnościach mniejszych niż dana wartość maksymalna. Minimalna i maksymalna wartość tła może być wybrana przez dopasowanie, które można otworzyć używając polecenia <i>Image<math>></math>Adjust<math>></math>Threshold</i> (<i>shift+t</i>). Należy zmienić mod z <i>Red</i> na <i>Over/Under</i>.

Każde kliknięcie z użyciem <i>wand-tool</i> tworzy selekcję. Żeby usunąć ją ze zdjęcia, należy użyć kombinacji klawiszy <i>ctrl+shift+a</i>.

<b>Zadanie 13.</b> Otwórz ponownie plik <b>dapi.tif</b>.

<b>a).</b> Użyj narzędzia <i>wand-tool</i> łącznie z opcją wyboru tła, żeby wybrać jądra. Zmierz jądra. Jaki jest najmniejszy i największy obwód jądra oraz najmniejsza i największa średnica?

<b>b).</b> Użyj <i>wand-tool</i>, żeby wybrać wszystkie jądra w jednej selekcji (shift). Jaki procent powierzchni zdjęcia jest pokryty przez jądra? Wskazówka – żeby wybrać całe zdjęcie, trzeba użyć <i>ctrl+a</i>.

<b>Rozwiązanie:</b>

<b>a).</b> obwód: min. 288.8 p, max. 608.0 p

średnica: min. 95.8 p, max. 188.4 p

<b>b).</b> powierzchnia: zdjęcia - 334750 p, jądra - 64885 p czyli procent będzie wynosił <math>64885 \cdot 100\% / 334750 = 19.4\%</math>

ROI (Region Of Interest) manager pomaga w pracy z selekcjami. Dzięki niemu można zatrzymać nieograniczoną liczbę selekcji, wyświetlania, modyfikowania i pomiaru. Polecenia mogą dotyczyć albo wybranych ROI, albo wszystkich, jeśli nie było żadnego zaznaczenia.

<b>Zadanie 14.</b>
<b>a).</b> Użyj <i>wand-tool</i>, żeby wybrać jądra, następnie naciśnij klawisz t (skrót dodawania ROI od <i>Analyze<math>></math>Tools<math>></math>ROI Manager</i>). Wybierz opcję <i>Show All</i> w managerze ROI. Wybierz pozostałe jądra i dodaj je do managera.

<b>b).</b> Kliknij na jedną z pozycji w managerze ROI (np. 5). Zauważ, że odpowiednie jądro na zdjęciu zostanie podświetlone. To działa również w drugą stronę. Modyfikuj selekcję (usuń część jąder używając klawisza <i>alt</i>). Uaktualnij zmiany.

<b>c).</b> Wybierz jedną lub kilka linii w managerze ROI (możesz użyć <i>ctrl/shift</i>) i naciśnij przycisk służący do pomiarów.

<b>d).</b> Do czego służy opcja <i>Flatten</i>? Wskazówka – Rzuć okiem na zdjęcia, które powstało w wyniku zastosowania tej opcji.

<b>e).</b> Ustaw niskie tło (niebieski kolor). Stwórz selekcję na podstawie wartości tła używając <i>Edit<math>></math>Selection<math>></math>Create Selection</i>. Użyj polecenia <i>split</i>. Co się dzieje?

<b>f).</b> Bez zmiany selekcji otwórz zdjęcie <b>A4 Rhod 1.tif</b> z katalogu <b>narzedzia_1</b>. Żeby zobaczyć wybrane jądra użyj opcji <i>Show All</i> z managera ROI. Dokonaj pomiaru. Jak wytłumaczysz to, co się stało?

<b>Rozwiązanie:</b>

<b>d).</b> Opcja tworzy obwiednię będącą granicą poszczególnych jąder i zapisuje zdjęcie jako RGB.

<b>e).</b> <i>Create Selection</i> tworzy pojedynczą selekcję złożoną ze wszystkich jąder. Opcja <i>Split</i> dzieli selekcje na poszczególne jądra i dodaje je do managera ROI.

<b>f).</b> Wybrana selekcja dla zdjęcia <b>dapi.tif</b> została użyta do nowo wczytanego zdjęcia.



====Analizator cząstek====

Dotychczas wszystkie selekcje były tworzone pojedynczo. Analizator cząstek pozwala automatycznie stworzyć selekcję dla każdego obiektu (cząstki), np. obszarowi pikseli powyżej minimalnej wartości tła i poniżej jego wartości maksymalnej.

<b>Zadanie 15.</b>
<b>a).</b> Użyj narzędzia do wyrównywania tła (<i>Image<math>></math>Adjust<math>></math>Threshold</i> lub <i>shift+t</i>) oraz analizatora cząstek, żeby dodać jądro do managera ROI (usuń wszystkie opcje oprócz <i>Add to Manager</i>).

<b>b).</b> Usuń wszystko z managera ROI i użyj analizatora cząstek ponownie. Tym razem wybierz opcję <i>Exclude on edges</i>. W jakim celu można tę opcję stosować i kiedy może być używana?

<b>c).</b> Użyj ponownie analizatora cząstek. Tym razem spróbuj wykluczyć obiekty, które są zbyt małe, żeby być jądrami. Jest to możliwe dzięki ustawieniu minimalnego rozmiaru w oknie analizatora cząstek.

<b>d).</b> Użyj analizatora cząstek, żeby wybrać tylko te jądra, które są okrągłe. Jaka jest wartość, która usuwa dwa jądra najbardziej odbiegające od kolistego kształtu?

<b>e).</b> Otwórz plik <b>inclusion.tif</b>. Wyobraź sobie, że wewnętrzny i zewnętrzny prostokąt przedstawia cząstki. Użyj analizatora cząstek z włączona i wyłączoną opcją <i>Include holes</i>. Jaką widzisz różnicę?

<b>f).</b> Użyj analizatora cząstek do znalezienia liczby jasnych plamek na zdjęciu <b>blobs.gif</b> z katalogu <b>narzedzia_1</b>. Jaka jest średnia powierzchnia plamek?

<b>Rozwiązanie:</b>

<b>b).</b> Obiekty, które nie są całkowicie na zdjęciu, nie mają właściwego rozmiaru, co sprawi, że zafałszują pomiar wartości średniej i całkowitej opartej na rozmiarze (powierzchnia, średnica, obwód, itp.). Opcja <i>Exclude on edges</i> pozwala zignorować te obiekty.

<b>d).</b> 0.8

<b>e).</b> Jeśli włączona jest opcja <i>Include holes</i>, tylko jedna cząstka jest znaleziona i zawiera ona wewnętrzną cząstkę. Bez tej opcji wewnętrzna i zewnętrzna cząstka jest traktowana osobno.

<b>f).</b> 46 plamek o różnych rozmiarach i kształtach; średnia powierzchnia to 414.5 piksela



====Strzałki, komentarze i warstwy====

Bardzo przydatną funkcją jest dodawanie komentarzy bez niszczenia zdjęcia. W tym celu używa się <b>warstw</b>. Strzałki i nie tylko mogą być dodawane z użyciem klawisza b lub <i>Image<math>></math>Overlay<math>></math>Add Selection</i>.

<b>Zadanie 16.</b>

<b>a).</b> Użyj strzałki (prawym przyciskiem myszy na funkcji linia w głównym pasku ImageJ), żeby zaznaczyć na zdjęciu wszystkie jądra. Przed narysowaniem strzałek zmień ich kolor na magenta.

<b>b).</b> Użyj narzędzia do pisania, żeby dodać notatkę do każdej strzałki (jądro nr 1, jądro nr 2). Użyj kombinacji klawiszy <i>ctrl+alt+b</i>, żeby dodać tekst do warstwy.

<b>c).</b> Zmień strzałki. Wskazówka: <i>Image<math>></math>Overlay<math>></math>To ROI Manager</i>. Nie zapomnij uaktualnić managera po dokonanych zmianach.

<b>d).</b> Zmień napisany wcześniej tekst. Wskazówka: Nie możesz samodzielnie edytować tekstu. Wybierz test w managerze ROI, napisz coś nowego i naciśnij przycisk uaktualnienia zmian.

<b>e).</b> Dodaj trzeci komentarz. Wskazówka: konwertuj selekcje z powrotem do warstw, dodaj nowy komentarz do warstwy.

<b>f).</b> Użyj <i>Image<math>></math>Overlay<math>></math>Flatten</i>, żeby stworzyć zdjęcie ze wszystkimi komentarzami (np. do swojej prezentacji). W tak zapisanym zdjęciu komentarze nie są warstwami, są dodane przez zmianę wartości pikseli.


[http://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php/Metody_diagnostyczne/kontrola_jakosci Kontrola jakości]