<?xml version="1.0"?>
<feed xmlns="http://www.w3.org/2005/Atom" xml:lang="pl">
	<id>http://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php?action=history&amp;feed=atom&amp;title=Metody_Biofizyki_Molekularnej%2FElektroforeza</id>
	<title>Metody Biofizyki Molekularnej/Elektroforeza - Historia wersji</title>
	<link rel="self" type="application/atom+xml" href="http://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php?action=history&amp;feed=atom&amp;title=Metody_Biofizyki_Molekularnej%2FElektroforeza"/>
	<link rel="alternate" type="text/html" href="http://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php?title=Metody_Biofizyki_Molekularnej/Elektroforeza&amp;action=history"/>
	<updated>2026-05-03T22:11:30Z</updated>
	<subtitle>Historia wersji tej strony wiki</subtitle>
	<generator>MediaWiki 1.34.1</generator>
	<entry>
		<id>http://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php?title=Metody_Biofizyki_Molekularnej/Elektroforeza&amp;diff=791&amp;oldid=prev</id>
		<title>Annach: Utworzono nową stronę &quot;==Definicja== Elektroforeza jest to ruch naładowanych elektrycznie cząstek rozpuszczonych bądź zawieszonych w roztworze elektrolitu w polu elektrycznym pod wpływem...&quot;</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="http://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php?title=Metody_Biofizyki_Molekularnej/Elektroforeza&amp;diff=791&amp;oldid=prev"/>
		<updated>2015-05-21T17:16:10Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;Utworzono nową stronę &amp;quot;==Definicja== Elektroforeza jest to ruch naładowanych elektrycznie cząstek rozpuszczonych bądź zawieszonych w roztworze elektrolitu w polu elektrycznym pod wpływem...&amp;quot;&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&lt;b&gt;Nowa strona&lt;/b&gt;&lt;/p&gt;&lt;div&gt;==Definicja==&lt;br /&gt;
Elektroforeza jest to ruch naładowanych elektrycznie cząstek rozpuszczonych bądź zawieszonych w roztworze elektrolitu w polu elektrycznym pod wpływem przyłożonego napięcia. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Podstawy fizyczne==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
W polu elektrycznym ''E'' cząsteczka o ładunku ''q'' porusza się z prędkością ''v'':&lt;br /&gt;
:&amp;lt;math&amp;gt;v=E\cdot qf\;&amp;lt;/math&amp;gt;&lt;br /&gt;
gdzie:&lt;br /&gt;
''f'' &amp;amp;mdash; współczynnik tarcia (zależny od właściwości cząsteczki, wielkości, masy, kształtu).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Definiujemy ruchliwość niezależną od warunków eksperymentu jako:&lt;br /&gt;
:&amp;lt;math&amp;gt;\mu=vE=qf\;&amp;lt;/math&amp;gt;&lt;br /&gt;
Ponieważ ''f'' zależy od masy to ruchliwość &amp;amp;mu; zależy od stosunku ładunek/masa.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Jest to opis idealny, w rzeczywistości  molekuła może oddziaływać z medium.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
W środowisku wodnym, w polu elektrycznym poruszają się jony posiadające otoczkę hydratacyjną. Mamy do czynienia z uporządkowanym układem dipoli wodnych. Uporządkowanie to wpływa na możliwość ruchu jonów, a właściwości otoczki hydratacyjnej zależą od rozmiaru jonu, zgromadzonego na nim ładunku elektrycznego, oraz od siły jonowej i pH elektrolitu.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Czynniki wpływające na przebieg elektroforezy==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;ol&amp;gt;&amp;lt;li&amp;gt;Siła jonowa jest zdefiniowana następująco:&amp;lt;br/&amp;gt;&lt;br /&gt;
:&amp;lt;math&amp;gt;\mu = \nicefrac 12\Sigma c_iZ_i^2 &amp;lt;/math&amp;gt;&amp;lt;br/&amp;gt;&lt;br /&gt;
gdzie: 	&amp;lt;math&amp;gt;c_i&amp;lt;/math&amp;gt; &amp;amp;mdash; stężenie molowe określonego typu jonów, &amp;lt;math&amp;gt;Z_i&amp;lt;/math&amp;gt; &amp;amp;mdash; wartościowość określonego typu jonów.&amp;lt;br/&amp;gt;&lt;br /&gt;
Wraz ze wzrostem siły jonowej początkowo obserwuje się wzrost przewodności jonowej elektrolitu związany ze wzrostem liczby nośników ładunku elektrycznego. Następnie dochodzi do zagęszczenia jonów i decydującą rolę w ruchu w polu elektrycznym odgrywa tarcie występujące pomiędzy otoczkami. &amp;lt;br/&amp;gt;&lt;br /&gt;
Ważny jest odpowiedni skład elektrolitów przeznaczonych do elektroforezy. Przy zbyt wysokim stężeniu jonów następuje ograniczenie ich ruchliwości, przy zbyt niskim można zaobserwować niedobór nośników ładunku elektrycznego i związany z tym wzrost oporności elektrycznej. &lt;br /&gt;
&amp;lt;li&amp;gt;Temperatura &amp;amp;mdash; utrzymywanie stałej temperatury jest konieczne dla osiągnięcia powtarzalnych rezultatów separacji elektroforetycznej makromolekuł, ponieważ:  &amp;lt;br/&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;ol type=&amp;quot;a&amp;quot;&amp;gt;&amp;lt;li&amp;gt;Wydzielane podczas polimeryzacji akrylamidu ciepło może przyczynić się do powstawania prądów konwekcyjnych i powodować nieregularności w sieciowaniu i porowatości nośnika.&lt;br /&gt;
&amp;lt;li&amp;gt; Nadmiar ciepła uwalnianego podczas elektroforezy może powodować nierównomierne przemieszczanie się frontu elektroforezy.&lt;br /&gt;
&amp;lt;li&amp;gt; Gradient temperatury w nośniku może powodować, że niektóre prążki będą migrować jako dublety, lub będą poszerzone, &lt;br /&gt;
&amp;lt;li&amp;gt;Nadmiar ciepła prowadzi do denaturacji białek.&lt;br /&gt;
&amp;lt;li&amp;gt;Przy zastosowaniu zbyt dużych mocy, można zaobserwować topnienie żeli agarozowych, pękanie szklanych płyt czy uszkodzenia aparatu poprzez termiczne odkształcenia jego plastikowych elementów.&lt;br /&gt;
&amp;lt;/ol&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;li&amp;gt;pH &amp;amp;mdash; miara stężenia jonów wodorowych .&lt;br /&gt;
&amp;lt;ol type=&amp;quot;a&amp;quot;&amp;gt;&amp;lt;li&amp;gt;Duże znaczenie w przypadku białek i peptydów obdarzonych ładunkiem elektrycznym zależnym od warunków środowiskowych (pH).&lt;br /&gt;
&amp;lt;li&amp;gt;W wyniku zachodzących modyfikacji posttranslacyjnych cząsteczki białka kodowane przez ten sam gen mogą mieć różną wartością punktu izoelektrycznego, pI. Odmienną wartość pI mogą posiadać też izoformy białka będące produktem polimorficznego genu. &lt;br /&gt;
&amp;lt;li&amp;gt;W środowisku o pH &amp;lt; pI białko obdarzone jest ładunkiem dodatnim i migruje w kierunku elektrody ujemnej. &lt;br /&gt;
&amp;lt;li&amp;gt;Aby elektroforetyczna separacja białek była skuteczna koniecznym jest utrzymywanie stałej wartości pH elektrolitu - elektrolit musi być buforowany.&lt;br /&gt;
&amp;lt;li&amp;gt;Kwasy nukleinowe posiadają trwały ładunek ujemny- ich separacja elektroforetyczna jest prostsza&lt;br /&gt;
&amp;lt;/ol&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;/ol&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Etapy planowania i wykonania elektroforezy==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Dobrze zaplanowaną elektroforezę możemy podzielić na następujące etapy:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Wybór obiektu badań.&lt;br /&gt;
#Wybór metody.&lt;br /&gt;
#Wybór nośnika elektroforetycznego i aparatury.&lt;br /&gt;
#Przygotowanie układu elektroforetycznego.&lt;br /&gt;
#Przygotowanie próbki (np. barwienie, denaturacja, w zależności od wybranej metody).&lt;br /&gt;
#Elektroforeza.&lt;br /&gt;
#Wybarwienie nośnika.&lt;br /&gt;
#Dokumentacja.&lt;br /&gt;
#Analiza ilościowa i/lub jakościowa.&lt;br /&gt;
#Interpretacja wyników.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Wybór nośnika elektroforetycznego==&lt;br /&gt;
Elektroforezę można przeprowadzać w roztworach, ale charakteryzuje się ona niską rozdzielczością. Znacznie więcej zastosowań znajduje elektroforeza przeprowadzana w żelach, ze względu na stabilność, powtarzalność, większą rozdzielczość.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Istotny jest wybór dobrego podłoża. Nie może ono reagować z białkiem  (rozdział ze względu na właściwości fizyczne, a nie chemiczne) i poprzez manipulacje stężeniem powinno dawać możliwość regulacji wielkości porów, a co za tym idzie umożliwiać wybór zakresu separacji cząsteczek.&lt;br /&gt;
Najczęściej stosuje się żele złożone z wielocukrów:&lt;br /&gt;
	agaroza (agarobioza = galaktoza + 3,6-anhydrogalaktoza&lt;br /&gt;
	poliakryloamid ( akryloamid + N,N’-metylenobisakryloamid)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Typowy żel poliakryloamidowy wygląda następująco (Rys. &amp;lt;xr id=&amp;quot;rys_3&amp;quot;/&amp;gt;):&lt;br /&gt;
[[Plik:Typowy żel poliakrylowy.png|thumb|400px|center|&amp;lt;figure  id=&amp;quot;rys_3&amp;quot;/&amp;gt;Typowy żel poliakrylowy.]]&lt;br /&gt;
===Główne rodzaje nośników elektroforetycznych===&lt;br /&gt;
*'''Żele agarozowe''' &amp;amp;mdash; Rozmiary porowatości agarozy można regulować stosując jej różne stężenia. Im wyższe stężenie tym bogatsze usieciowanie i drobniejsze pory. Zwykle przygotowuje się żele o stężeniach agarozy 0,4-4,0% i stosuje się je w aparatach do elektroforezy poziomej. Zaleta: możliwość separacji dużych makrocząsteczek białkowych, oraz fragmentów kwasów nukleinowych (50 - 30 000 bp). Wada: słaba wytrzymałość mechaniczna i trudność utrwalania po rozdziale. &lt;br /&gt;
*'''Żele poliakrylamidowe''' &amp;amp;mdash; umożliwiają separację makrocząsteczek białkowych o masach rzędu 5 kDa - 300 kDa lub polinukleotydów o wielkości 5 - 2 000 par zasad. Przygotowywane są z roztworu monomerów akrylamidu i substancji sieciujących. Jako substancję sieciującą stosuje się N,N.-metylenobisakrylamid (bis-akrylamid). Reakcję polimeryzacji, można zainicjować chemicznie poprzez zastosowanie  nadsiarczanu amonu w obecności katalizatora N,N,N.,N.-tetrametyletylenodiaminy (TEMED). Gęstość sieciowania oraz rozmiary porów można regulować poprzez dobór stężenia akrylamidu i bisakrylamidu. Uwaga! Akrylamid w postaci monomerycznej jest bardzo silną neurotoksyną. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Jeżeli przedmiotem separacji jest mieszanina białek o zróżnicowanych masach, wskazanym jest zastosowanie żelu gradientowego o narastającej, wraz z dystansem migracji, gęstości sieciowania. Na jego wejściu rozmiary porów są duże i pozwalają migrować zarówno dużym jak i znacznie mniejszym makrocząsteczkom. W tym obszarze pozostają duże makromolekuły.  Ze wzrostem dystansu migracji usieciowanie wzrasta i następuje separacja średnich i małych cząsteczek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Rodzaje komór elektroforetycznych ==&lt;br /&gt;
(podział ze względu na sposób umieszczenia nośnika elektroforetycznego)&lt;br /&gt;
===Elektroforeza kapilarna HPCE (ang. high performance capillary electrophoresis) ===&lt;br /&gt;
Elektrolit wypełnia kapilarę o wewnętrznej średnicy 50 - 100 μm i długości 20-30 cm. Końce kapilary zanurzone są w zasobnikach z elektrolitami. Kapilara wypełniona jest swobodnym elektrolitem (elektroforeza swobodna) lub porowatym nośnikiem (elektroforeza na nośniku). &lt;br /&gt;
===Elektroforeza pionowa===&lt;br /&gt;
Nośnik elektroforetyczny wypełnia szklane rurki lub znajduje się pomiędzy dwoma płytkami rozdzielonymi przekładkami dystansowymi. Górna część nośnika jest przykryta warstwą elektrolitu. &lt;br /&gt;
===Elektroforeza pozioma===&lt;br /&gt;
Nośnik umieszczony jest w płaszczyźnie poziomej. Zaletą tego rozwiązania jest brak wycieków elektrolitu oraz możliwość łatwego odprowadzenia ciepła generowanego w trakcie przepływu prądu.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Barwienie próbek==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Białka najczęściej wybarwia się stosując naturalne barwniki, takie jak błękit kumassi. Barwnik dodawany jest do roztworu utrwalającego położenie białka w żelu .Można w ten sposób znaleźć 1 μg białka w prążku. &lt;br /&gt;
Bardziej czułą metodą jest barwienie srebrem. Metoda ta pozwala oznaczyć 10 ng białka w prążku. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Barwienie fluoroforami===&lt;br /&gt;
Barwniki fluorescencyjne (np. ANS lub bromek etydyny) pozwalają na uwidocznienie makrocząsteczek po zakończeniu elektroforezy lub wybarwienie przed separacją. Znaczniki uwidaczniają położenie prążków w świetle UV lub widzialnym. Czułość detekcji jest porównywalna z barwieniem srebrem lub jest nieco lepsza.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Znakowanie radioizotopowe=== &lt;br /&gt;
Bardzo wysoka czułość detekcji. Znakowanie makrocząsteczek (białek) radioizotopami odbywa się przed procesem separacji elektroforetycznej, często na etapie ich syntezy. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Immunobarwienie===&lt;br /&gt;
Selektywne barwienie białek i peptydów na membranach przy zastosowaniu specyficznych przeciwciał znakowanych fluorescencyjnie, enzymatycznie lub radioizotopowo&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Barwienie enzymatyczne===&lt;br /&gt;
Wizualizacja enzymów, które w wyniku katalizy produkują barwny substrat.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Dokumentacja rezultatów rozdziałów elektroforetycznych==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Znane są następujące metody dokumentacji rozdziałów elektroforetycznych:&lt;br /&gt;
&amp;lt;ol&amp;gt;&amp;lt;li&amp;gt; Suszenie żeli poliakrylamidowych pomiędzy warstwą bibuły i celofanu lub pomiędzy dwoma warstwami celofanu. Żele agarozowe nie poddają się tej formie dokumentowania. &lt;br /&gt;
&amp;lt;li&amp;gt; Sporządzenie fotografii żelu. &lt;br /&gt;
&amp;lt;ol type=&amp;quot;a&amp;quot;&amp;gt;&amp;lt;li&amp;gt;technika autoradiografii lub autoluminescencji dla makrocząsteczek znakowanych radioizotopowo, lub immunoenzymatycznie z zastosowaniem substratów chromogennych. &lt;br /&gt;
&amp;lt;li&amp;gt;wykorzystanie kamer cyfrowych, obraz przechowywany jest w formie elektronicznej. &lt;br /&gt;
&amp;lt;li&amp;gt;skanery optyczne, umożliwiające przetwarzanie na formę elektroniczną obrazu żeli i membran, detekcja z zastosowaniem znaczników fluorescencyjnych, substratów chromogennych i radioizotopów. &amp;lt;/ol&amp;gt;&amp;lt;/ol&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Analiza ilościowa i jakościowa żeli elektroforetycznych==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
'''Analiza jakościowa''', mająca na celu pokazanie obecności danego białka i określenie jego względnej migracji w nośniku elektroforetycznym może być wykonana przez porównanie położenia poszczególnych prążków i opisanie zaobserwowanego obrazu. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
'''Analiza ilościowa''' wymaga zastosowania technik rachunkowych, uwzględniających zarówno informację o położeniu analizowanych prążków, jak i o intensywności wybarwienia tych prążków. Do tego celu stosuje się technikę densytometrowania analizowanego żelu, membrany lub ich elektronicznie przetworzonych obrazów. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Uzyskane w ten sposób dane liczbowe pozwalają na:&lt;br /&gt;
* określenie masy cząsteczkowej (MW), wartości punktu izolektrycznego (pI) lub liczby par zasad analizowanej makrocząsteczki w porównaniu z zastosowanymi wzorcami;&lt;br /&gt;
* określenie ilości molekuł w prążku na podstawie porównania ze znaną ilością tych molekuł w prążkach na sąsiednich ścieżkach;&lt;br /&gt;
* określenie sekwencji nukleotydów.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Ogólne reguły przygotowania próbek do elektroforezy==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
#Próbka nie może zawierać zbyt dużej ilości soli. &lt;br /&gt;
#Separacja makrojonów zależy od ich ilości w próbce. Zbyt mała ilość makrojonów, powoduje trudności w ich detekcji, a zbyt duża ich ilość pogarsza warunki separacji.&lt;br /&gt;
#Ilość makrocząsteczek poddających się prawidłowej separacji zależy od grubości nośnika, szerokości ścieżki, objętości nanoszonej próbki oraz od liczby różnych makrocząsteczek w próbce.&lt;br /&gt;
#Często obciąża się próbkę dobrze rozpuszczalną substancją pozbawioną ładunku elektrycznego. Dodatek taki pozwala na umieszczenie próbki bezpośrednio na powierzchni żelu bez zbędnego mieszania jej z elektrolitem.&lt;br /&gt;
#Próbka powinna być zabarwiona tak, aby można było obserwować jej nanoszenie na nośnik. Eliminuje to możliwość pomyłkowego naniesienia dwóch lub więcej próbek na tę samą ścieżkę rozdziału. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
==Rodzaje elektroforezy==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Elektroforeza kapilarna ===&lt;br /&gt;
Umożliwia rozdział próbek o stężeniach attomoli, przy wysokich napięciach:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Przyłożenie napięcia powoduje wytwarzanie ciepła &amp;amp;mdash; co niekorzystnie wpływa na rozdzielczość. Zwykle ograniczenie  stosowanego napięcia 300-500 V. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
W cienkiej kapilarze stosunek powierzchnia/objętość jest bardzo korzystny jeśli chodzi o dyssypację produkowanego ciepła. Można wtedy używać wyższych napięć. Typowa średnica wewnętrzna kapilary 10-100 &amp;amp;mu;m, zewnętrzna 300 &amp;amp;mu;M, długość 10-100 cm. Kapilara wypełniona jest buforem lub żelem. Możliwe napięcie 5-50 kV.&lt;br /&gt;
====Korzyści====&lt;br /&gt;
*Rozdział w ciągu kilku minut substancji o stężeniu attomolowym.&lt;br /&gt;
*Niskie zużycie reagentów.&lt;br /&gt;
*Ze względu na możliwość stosowania różnych buforów możliwość rozdziału struktur o wielkości od atomów do całych komórek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Elektroforeza natywna===&lt;br /&gt;
Stosowana w przypadku białek aktywnych biologicznie o prawidłowej strukturze czwartorzędowej&lt;br /&gt;
Separacja dzięki różnicy ładunków własnych białek &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Ruchliwość cząsteczek jest związana z ładunkiem netto białka, jego masą i kształtem.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Metoda stosowana do wyznaczenia masy białka dzięki porównaniu ruchliwości białka o nieznanej masie z ruchliwością białek o znanej masie i podobnym kształcie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Przygotowanie próbki do badań====&lt;br /&gt;
Próbka powinna być:&lt;br /&gt;
*rozpuszczona w buforze nie powodującym denaturacji separowanych makrocząsteczek.&lt;br /&gt;
*Przygotowywana i przechowywana w niskiej temperaturze - zabezpieczenie przed degradacją proteolityczną. W tym samym celu można do próbki dodać inhibitorów proteaz serynowych (PMSF i EDTA). &lt;br /&gt;
*Pozbawiona nadmiaru soli poprzez dializę lub filtrację żelową.&lt;br /&gt;
*Zrównoważona elektrolitem, który  wypełnia nośnik elektroforetyczny. &lt;br /&gt;
*Gęstość próbki można podwyższyć przez dodanie glicerolu (10%) i zabarwić przy pomocy 0,25% błękitu bromofenolu (ang. bromophenol blue).&lt;br /&gt;
*Nie denaturujemy próbki (chemicznie lub termicznie)! &lt;br /&gt;
Zaletą metody jest możliwość odzyskania cząsteczek białkowych w stanie aktywności biologicznej. Wadą - stosunkowo słaba rozdzielczość.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Elektroforeza denaturująca===&lt;br /&gt;
Często spotykana nazwa: SDS-PAGE od „SDS polyacrylamide gel electrophoresis” Zdenaturowane białko wędruje w polu elektrycznym jako rozwinięty monomer (brak aktywności biologicznej i struktury czwartorzędowej).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;blockquote&amp;gt;SDS &amp;amp;mdash; silny detergent jonowy (ang. sodium dodecyl sulfate) o hydrofobowym łańcuchu węglowym i polarnej siarczanowej głowie. SDS denaturuje białko i nadaje mu ładunek ujemny niezależny od wewnętrznego ładunku białka i masy.  Ruchliwość kompleksu białko-SDS jest zależna do jego masy. &amp;lt;/blockquote&amp;gt;&lt;br /&gt;
====Ograniczenie SDS-PAGE====&lt;br /&gt;
Założenie, ze białka są sferami z równomiernym rozkładem ładunku. Uzyskana ta metodą masę określa się jako masę pozorną, ponieważ odnosi się do porównania z innymi białkami (np. glikoproteiny poruszają się wolniej ze względu na to, że SDS nie wiąże się do części cukrowych).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Elektroforeza w obecności SDS &amp;amp;mdash; przygotowanie próbki do badań====&lt;br /&gt;
*Białka zawarte w próbce powinny być zdenaturowane przez dodanie 1-2% SDS (w pH 7,0 - 9,0) i gotowane w ciągu 3-4 minut.&lt;br /&gt;
*W celu rozbicia wiązań dwusiarczkowych do próbki należy dodatkowo dodać czynnik redukujący: 1% merkaptoetanol lub DTT (ditiotreitol) oraz 10 mM EDTA. &lt;br /&gt;
*Próbka powinna być odsolona (dializa lub filtracja żelowa) i zrównoważona elektrolitem wypełniającym nośnik na który będzie naniesiona. &lt;br /&gt;
*Do próbki można dodać glicerol (10%) oraz błękit bromofenolu (0,25%), uzyskując w ten sposób wyższą gęstość próbki i jej intensywne zabarwienie. Bezpośrednio przed naniesieniem na żel próbkę należy odwirować aby usunąć wszystkie nierozpuszczone składniki.&lt;br /&gt;
====Korzyści z wykorzystania SDS====&lt;br /&gt;
*Zdecydowana większość białek jest rozpuszczalna w elektrolitach zawierających SDS, szczególnie po redukcji mostków dwusiarczkowych.&lt;br /&gt;
*Separacja białek odbywa się zgodnie z ich masami cząsteczkowymi.&lt;br /&gt;
*Barwienia kompleksów białko-SDS jest znacznie wydajniejsze niż samego białka.&lt;br /&gt;
*Obecność SDS eliminuje enzymatyczną degradację białek w trakcie separacji.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Wada &amp;amp;mdash; białko w formie zdenaturowanej.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
W wielu przypadkach mostki dwusiarczkowe stabilizują strukturę białek. Za pomocą związków redukujących (beta-merkaptoetanol, DTT) zrywa się utworzone mostki. Analiza elektroforetyczna z zastosowaniem związku redukującego i bez umożliwia ustalenie liczby mostków solnych w białku.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Zamiast SDS można użyć mocznika, który wiąże się z białkiem w sposób odwracalny. Wtedy nie nadaje się białku ładunku, w związku z czym porusza się ono zgodnie z własnym wewnętrznym ładunkiem, pomimo stanu zdenaturowanego.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Ogniskowanie izoelektryczne,  IEF (isoelectric focusing)===&lt;br /&gt;
*pH środowiska wpływa na ładunek netto białka (niskie pH &amp;amp;mdash; dodatni, wysokie pH &amp;amp;mdash; ujemny).&lt;br /&gt;
*Punkt izoelektryczny pI &amp;amp;mdash; pH przy którym ładunek netto cząsteczki jest równy 0 (zależnie od składu aminokwasowego i modyfikacji potranslacyjnych). Jest to biofizyczny parametr charakteryzujący białko, który wyznaczamy poprzez ogniskowanie izoelektryczne.&lt;br /&gt;
*W warunkach standardowych (temperatura, skład buforu) pI jest stałe dla danego białka. &lt;br /&gt;
*Uzyskanie stabilnego gradientu pH (trudne ze względu na dyfuzję) odbywa się przy pomocy :&lt;br /&gt;
&amp;lt;ol type=&amp;quot;a&amp;quot;&amp;gt;&amp;lt;li&amp;gt;amfolinów (komercyjnie dostępne, syntetyczne  heteropolimery oligoamino- i oligokarboksylowych kwasów, które w polu elektrycznym ustawiają się w kolejności wartości pI tworząc gradient.&lt;br /&gt;
&amp;lt;li&amp;gt;pochodnych akryloamidu zawierających słabe, zasadowe lub kwaśne grupy. Mieszane są razem w obecności akryloamidu tworząc żel poliakryloamidowy. Odpowiednio dobierając pochodne uzyskuje się różne gradienty pH. Można stworzyć bardzo wąski zakres gradientu co umożliwia lepszą rozdzielczość pI białek niż w przypadku amfolitów.&lt;br /&gt;
&amp;lt;/ol&amp;gt;&lt;br /&gt;
====Przygotowanie próbki====&lt;br /&gt;
Próbka pozbawiona soli i substancji buforujących (dializa, filtracja żelowa).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
W przypadkach, gdy białka nie są rozpuszczalne w czystej wodzie, można próbować pozostawić próbkę w buforze sprzyjającym rozpuszczeniu białka. Jednak stężenie jonów i substancji buforujących powyżej 50 mM może być przyczyną kłopotów w uzyskaniu dobrej separacji makrocząsteczek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Białko umieszczone w gradiencie pH migruje do punktu o wartości pI(w obecności markerów o znanym pI). Wypadkowy ładunek makrocząsteczki równa się wtedy zeru i obojętna elektrycznie makrocząsteczka zatrzymuje się nie doznając działania sił pola elektrycznego. Uzyskuje się w ten sposób separację molekuł białkowych zgodnie z ich wartościami pI.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Dwuwymiarowa SDS-PAGE===&lt;br /&gt;
Za pomocą elektroforezy jednowymiarowej można rozdzielać do 100 różnych białek.  Jeśli w próbce jest ich więcej stosuje się elektroforezę dwukierunkową (2D). Jest ona połączeniem dwóch, a czasami trzech podstawowych rodzajów elektroforezy. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Procedura rozpoczyna się od separacji białek techniką ogniskowania izoelektrycznego. Pierwszy kierunek (wymiar) elektroforezy 1D wykonuje się przy pomocy elektroforezy pionowej lub poziomej.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Następnie nośnik zawierający rozdzielone białka przenoszony jest na elektroforezę płytową w celu wykonania separacji według mas cząsteczkowych. Na tym etapie może być stosowana elektroforeza denaturująca lub natywna. &lt;br /&gt;
Po zakończeniu procedury 2D i wybarwieniu żelu uzyskuje się dwuwymiarową mapę rozkładu cząsteczek białek, w funkcji wartości pI oraz masy cząsteczkowej. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Metoda umożliwia rozdzielenie kilku tysięcy białek, nawet z ekstraktu bakteryjnego (jest mało prawdopodobne by białka miały te samą masę i pI).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
'''Zastosowanie''': separacja mutantów białkowych, test, które z białek pojawiają się na kolejnych etapach rozwoju komórki.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Immunoelektroforeza===&lt;br /&gt;
Przeciwciała to białka zaprojektowane do rozpoznawania antygenów. Ze względu na ich specyficzność są one molekularnymi próbnikami użytecznymi w badaniach struktury białek, makromolekularnych kompleksów i wirusów. Przeciwciała (uzyskiwane ze zwierząt laboratoryjnych &amp;amp;mdash; królików i myszy) umożliwiają specyficzną detekcję białek w mieszaninie wiążąc się z antygenem białka, które chcemy zidentyfikować.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Immunoelektroforeza jest to połączenie elektroforetycznej separacji cząsteczek z immunodetekcją.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Stosowane żele mają duże pory stosownie do wielkości przeciwciał i antygenów. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Immunodetekcja służy identyfikacji próbek makromolekuł, niemożliwej do wykonania inną metodą. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Immunodetekcja, blotting====&lt;br /&gt;
Przeniesienie próbki na mechanicznie stabilną membranę jest nazywane blottingiem&lt;br /&gt;
*Białko z antygenem wiąże się z membraną nitrocelulozową.&lt;br /&gt;
*Wiązaniu niespecyficznemu zapobiega wysycenie miejsc wiążących niespecyficznie przez białko nie zawierające antygenu, np. BSA.&lt;br /&gt;
*Dodawany roztwór przeciwciała pozwala na specyficzne wiązanie przeciwciała z antygenem.&lt;br /&gt;
*Następnie kompleks jest wiązany z przeciwciałem drugorzędowym, specyficznie wiążącym się z przeciwciałem pierwszorzędowym i połączonym z enzymem, który przerabia dodany substrat w barwny produkt. W ten sposób identyfikuje się położenie antygenu a przez to poszukiwanego białka. &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=====Western blotting (białka)=====&lt;br /&gt;
#SDS-PAGE.&lt;br /&gt;
#Transfer na nitrocelulozę.&lt;br /&gt;
#Zablokowanie niespecyficznego wiązania antygenów.&lt;br /&gt;
#Wiązanie przeciwciał pierwszorzędowych.&lt;br /&gt;
#Wiązanie przeciwciał drugorzędowych.&lt;br /&gt;
#Wizualizacja.&lt;br /&gt;
=====Southern blotting (DNA)=====&lt;br /&gt;
#Trawienie restrykcyjne DNA&lt;br /&gt;
#Elektroforeza na żelu agarozowym&lt;br /&gt;
#Denaturacja w warunkach alkalicznych&lt;br /&gt;
#Przeniesienie na nitrocelulozę&lt;br /&gt;
#Hybrydyzacja ze znacznikami (etykietowane, znane fragmenty DNA lub oligonukleotydy). &lt;br /&gt;
=====Northern blotting (RNA)=====&lt;br /&gt;
#Denaturacja RNA formaldehydem&lt;br /&gt;
#Dalej postępowanie podobne jak w przypadku DNA, membrana nitrocelulozowa zastąpiona przez membranę nylonową.&lt;br /&gt;
W przypadku polipeptydów membranę nitrocelulozową można zastąpić membraną PVDF.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Immunoelektroforeza dyfuzyjna===&lt;br /&gt;
Służy do jakościowego oznaczenia antygenów w serum, ekstraktach komórkowych i innych preparatach.&lt;br /&gt;
#Elektroforetyczny rozdział antygenów w żelu agarozowym.&lt;br /&gt;
#W żelu znajduje się rynna, do której po elektroforezie wlewany jest roztwór przeciwciał&lt;br /&gt;
#Przeciwciała i antygen dyfundują i wiążą się ze sobą wytrącając i tworząc charakterystyczne łuki osadowe.&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Annach</name></author>
		
	</entry>
</feed>