Warsztaty z Metod Terapeutycznych - Historia wersji

Jginter: /* Zadanie 3 */

2017-01-18T13:22:35Z

Zadanie 3

Jginter: /* Zagadka */

2016-11-16T14:05:21Z

Zagadka

Jginter: /* Zagadka */

2016-11-16T11:56:13Z

Zagadka

Jginter: /* Zagadka */

2016-11-16T11:55:36Z

Zagadka

Jginter: /* Zadanie 3 */

2016-11-16T11:42:48Z

Zadanie 3

Jginter: /* Zadanie 3 */

2016-11-09T14:05:04Z

Zadanie 3

Jginter: /* Zadanie 3 */

2016-11-09T12:00:29Z

Zadanie 3

Jginter: /* Zadanie 2 */

2016-11-09T11:41:19Z

Zadanie 2

Jarekz: /* Zadanie 2 */

2016-10-24T10:41:56Z

Zadanie 2

Jginter: /* Zadanie 2 */

2016-10-19T12:23:55Z

Zadanie 2

← poprzednia wersja		Wersja z 13:22, 18 sty 2017
Linia 258:		Linia 258:

	Pod adresem [http://wiki.opengatecollaboration.org/index.php/Users_Guide_V7.2:Readout_parameters_for_Radiotherapy_applications:_Actors] można znaleźć różne inne typy actora, np. Energy spectrum. Daje on możliwość zapisania widma energii w formacie .root. Aby je obejrzeć należy w terminalu otworzyć program o nazwie '''root''' i napisać magiczną komendę '''TBrowser t''' (która nie jest tak bardzo magiczna, tworzy po prostu nowy obiekt o nazwie t typu TBrowser; ale roota nie będziemy się szczegółowo uczyć; aby go opuścić trzeba napisać .quit) i otworzyć plik, który nas interesuje.		Pod adresem [http://wiki.opengatecollaboration.org/index.php/Users_Guide_V7.2:Readout_parameters_for_Radiotherapy_applications:_Actors] można znaleźć różne inne typy actora, np. Energy spectrum. Daje on możliwość zapisania widma energii w formacie .root. Aby je obejrzeć należy w terminalu otworzyć program o nazwie '''root''' i napisać magiczną komendę '''TBrowser t''' (która nie jest tak bardzo magiczna, tworzy po prostu nowy obiekt o nazwie t typu TBrowser; ale roota nie będziemy się szczegółowo uczyć; aby go opuścić trzeba napisać .quit) i otworzyć plik, który nas interesuje.
		+
		+	==Zadanie 4==
		+	Poniższy skrypt w programie root powinien narysować histogram pozycji z singli, których pozycja z była dodatnia. Analogicznie można by narysować histogram energii singli, których pozycja z była dodatnia. Itd. Można to podejście zastosować do policzenia ilości singli (lub hitów) spełniających jakiś warunek.
		+	<source lang='c'>
		+	{
		+
		+
		+	TFile f = (TFile)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject("kalibracja2.root");
		+	if (!f) {
		+	f = new TFile("kalibracja2.root");
		+	}
		+
		+
		+	//TFile *f = TFile::Open("benchSPECT.root");
		+
		+	TTree Singles = (TTree)gDirectory->Get("Singles");
		+
		+	//Float_t energy;
		+	Float_t gPZ, sPZ;
		+
		+	//Singles->SetBranchAddress("energy",&energy);
		+
		+	Singles->SetBranchAddress("globalPosZ",&gPZ);
		+	Singles->SetBranchAddress("sourcePosZ",&sPZ);
		+
		+	//TH1F *ener = new TH1F("ener","energia",100,0,0.2);
		+	TH1F *posZ = new TH1F("pozycjaZ", "pozycja Z", 100,0,150);
		+
		+	Int_t nentries = Singles->GetEntries();
		+	Int_t nbytes = 0;
		+
		+
		+	for (Int_t i=0; i<nentries;i++) {
		+	nbytes += Singles->GetEntry(i);
		+
		+	if (sPZ>0)
		+	posZ.Fill(gPZ);
		+	// ener.Fill(energy);
		+
		+
		+	}
		+
		+
		+	// ************************************** Plots ********************************************
		+
		+
		+	TCanvas cont("contours","kontury",100,100,800,600);
		+
		+	cont.SetFillColor(0);
		+
		+	posZ->SetFillColor(2);
		+	posZ->SetFillStyle(3023);
		+	//posZ->GetXaxis()->SetTitle("");
		+	posZ.Draw();
		+
		+	}
		+
		+	</source>

← poprzednia wersja		Wersja z 14:05, 16 lis 2016
Linia 258:		Linia 258:

	Pod adresem [http://wiki.opengatecollaboration.org/index.php/Users_Guide_V7.2:Readout_parameters_for_Radiotherapy_applications:_Actors] można znaleźć różne inne typy actora, np. Energy spectrum. Daje on możliwość zapisania widma energii w formacie .root. Aby je obejrzeć należy w terminalu otworzyć program o nazwie '''root''' i napisać magiczną komendę '''TBrowser t''' (która nie jest tak bardzo magiczna, tworzy po prostu nowy obiekt o nazwie t typu TBrowser; ale roota nie będziemy się szczegółowo uczyć; aby go opuścić trzeba napisać .quit) i otworzyć plik, który nas interesuje.		Pod adresem [http://wiki.opengatecollaboration.org/index.php/Users_Guide_V7.2:Readout_parameters_for_Radiotherapy_applications:_Actors] można znaleźć różne inne typy actora, np. Energy spectrum. Daje on możliwość zapisania widma energii w formacie .root. Aby je obejrzeć należy w terminalu otworzyć program o nazwie '''root''' i napisać magiczną komendę '''TBrowser t''' (która nie jest tak bardzo magiczna, tworzy po prostu nowy obiekt o nazwie t typu TBrowser; ale roota nie będziemy się szczegółowo uczyć; aby go opuścić trzeba napisać .quit) i otworzyć plik, który nas interesuje.
−
−	~~=Zagadka=~~
−	Wykonałem powyższy eksperyment dla elektronów o energii 25 MeV (czyli bardzo dużej). Geometria eksperymentu wyglądała jak na obrazku, przy czym kolimator (na czerwono) był usunięty (zastąpiony powietrzem).
−
−	~~[[Plik:Eksperyment_geometria.png]]~~
−
−	Eksperyment został przeprowadzony dla 30 000 000 elektronów w początkowej wiązce, w dwóch wersjach: ze wstawionym ołowianym filtrem spłaszczającym i drugi bez tego filtru (zastąpiony powietrzem). Poniżej można porównać obrazy zdeponowanej energii w fantomie otrzymane na głębokości 3 cm pod powierzchnią fantomu oraz na obrazku poniżej wartość zdeponowanej energii pocałkowana po całej głębokości fantomu 40 cm. Obrazy po lewej stronie (z obecnością filtra) mają dziwny kształt: w środku jest zarysowane wyraźnie koło o skokowo większej zdeponowanej energii niż w pozostałej części fantomu. Można to zobaczyć również na zaprezentowanych poniżej profilach.
−
−	~~[[Plik:Eksperyment_25MeV_wynik.png]]~~
−
−	~~[[Plik:Eksperyment_25MeV_profil.png]]~~
−
−	~~Czy ktoś potrafi wyjaśnić zaobserwowane zjawisko? Najciekawsze odpowiedzi zostaną nagrodzone.~~

@@ Linia 266: / Linia 266: @@
 Eksperyment został przeprowadzony dla 30 000 000 elektronów w początkowej wiązce, w dwóch wersjach: ze wstawionym ołowianym filtrem spłaszczającym i drugi bez tego filtru (zastąpiony powietrzem). Poniżej można porównać obrazy zdeponowanej energii w fantomie otrzymane na głębokości 3 cm pod powierzchnią fantomu oraz na obrazku poniżej wartość zdeponowanej energii pocałkowana po całej głębokości fantomu 40 cm. Obrazy po lewej stronie (z obecnością filtra) mają dziwny kształt: w środku jest zarysowane wyraźnie koło o skokowo większej zdeponowanej energii niż w pozostałej części fantomu. Można to zobaczyć również na zaprezentowanych poniżej profilach.
-[[Plik:Eksperyment_25MeV_wynik]]
+[[Plik:Eksperyment_25MeV_wynik.png]]
-[[Plik:Eksperyment_25MeV_profil]]
+[[Plik:Eksperyment_25MeV_profil.png]]
 Czy ktoś potrafi wyjaśnić zaobserwowane zjawisko? Najciekawsze odpowiedzi zostaną nagrodzone.

← poprzednia wersja		Wersja z 11:55, 16 lis 2016
Linia 260:		Linia 260:

	=Zagadka=		=Zagadka=
−	Wykonałem powyższy eksperyment dla elektronów o energii 25 MeV (czyli bardzo dużej). Geometria eksperymentu wyglądała jak na obrazku, przy czym kolimator (na czerwono) był usunięty (zastąpiony powietrzem). [[Plik:Eksperyment_geometria.png]]	+	Wykonałem powyższy eksperyment dla elektronów o energii 25 MeV (czyli bardzo dużej). Geometria eksperymentu wyglądała jak na obrazku, przy czym kolimator (na czerwono) był usunięty (zastąpiony powietrzem).
		+
		+	[[Plik:Eksperyment_geometria.png]]
		+
		+	Eksperyment został przeprowadzony dla 30 000 000 elektronów w początkowej wiązce, w dwóch wersjach: ze wstawionym ołowianym filtrem spłaszczającym i drugi bez tego filtru (zastąpiony powietrzem). Poniżej można porównać obrazy zdeponowanej energii w fantomie otrzymane na głębokości 3 cm pod powierzchnią fantomu oraz na obrazku poniżej wartość zdeponowanej energii pocałkowana po całej głębokości fantomu 40 cm. Obrazy po lewej stronie (z obecnością filtra) mają dziwny kształt: w środku jest zarysowane wyraźnie koło o skokowo większej zdeponowanej energii niż w pozostałej części fantomu. Można to zobaczyć również na zaprezentowanych poniżej profilach.
		+
		+	[[Plik:Eksperyment_25MeV_wynik]]
		+
		+	[[Plik:Eksperyment_25MeV_profil]]
		+
		+	Czy ktoś potrafi wyjaśnić zaobserwowane zjawisko? Najciekawsze odpowiedzi zostaną nagrodzone.

← poprzednia wersja		Wersja z 11:42, 16 lis 2016
Linia 258:		Linia 258:

	Pod adresem [http://wiki.opengatecollaboration.org/index.php/Users_Guide_V7.2:Readout_parameters_for_Radiotherapy_applications:_Actors] można znaleźć różne inne typy actora, np. Energy spectrum. Daje on możliwość zapisania widma energii w formacie .root. Aby je obejrzeć należy w terminalu otworzyć program o nazwie '''root''' i napisać magiczną komendę '''TBrowser t''' (która nie jest tak bardzo magiczna, tworzy po prostu nowy obiekt o nazwie t typu TBrowser; ale roota nie będziemy się szczegółowo uczyć; aby go opuścić trzeba napisać .quit) i otworzyć plik, który nas interesuje.		Pod adresem [http://wiki.opengatecollaboration.org/index.php/Users_Guide_V7.2:Readout_parameters_for_Radiotherapy_applications:_Actors] można znaleźć różne inne typy actora, np. Energy spectrum. Daje on możliwość zapisania widma energii w formacie .root. Aby je obejrzeć należy w terminalu otworzyć program o nazwie '''root''' i napisać magiczną komendę '''TBrowser t''' (która nie jest tak bardzo magiczna, tworzy po prostu nowy obiekt o nazwie t typu TBrowser; ale roota nie będziemy się szczegółowo uczyć; aby go opuścić trzeba napisać .quit) i otworzyć plik, który nas interesuje.
		+
		+	=Zagadka=
		+	Wykonałem powyższy eksperyment dla elektronów o energii 25 MeV (czyli bardzo dużej). Geometria eksperymentu wyglądała jak na obrazku, przy czym kolimator (na czerwono) był usunięty (zastąpiony powietrzem). [[Plik:Eksperyment_geometria.png]]

@@ Linia 220: / Linia 220: @@
 /gate/world/daughters/insert cone
 /gate/filtr/geometry/setRmax1 12.  cm
-/gate/filtr/geometry/setRmin1 0. cm
+#/gate/filtr/geometry/setRmin1 0. cm
-/gate/filtr/geometry/setRmax2 0.  cm
+#/gate/filtr/geometry/setRmax2 0.  cm
-/gate/filtr/geometry/setRmin2 0. cm
+#/gate/filtr/geometry/setRmin2 0. cm
 /gate/filtr/geometry/setHeight 3.4 cm  #25.0 cm
 /gate/filtr/placement/setTranslation 0. 0. 40. cm

← poprzednia wersja		Wersja z 12:00, 9 lis 2016
Linia 256:		Linia 256:

	</source>		</source>
		+
		+	Pod adresem [http://wiki.opengatecollaboration.org/index.php/Users_Guide_V7.2:Readout_parameters_for_Radiotherapy_applications:_Actors] można znaleźć różne inne typy actora, np. Energy spectrum. Daje on możliwość zapisania widma energii w formacie .root. Aby je obejrzeć należy w terminalu otworzyć program o nazwie '''root''' i napisać magiczną komendę '''TBrowser t''' (która nie jest tak bardzo magiczna, tworzy po prostu nowy obiekt o nazwie t typu TBrowser; ale roota nie będziemy się szczegółowo uczyć; aby go opuścić trzeba napisać .quit) i otworzyć plik, który nas interesuje.

← poprzednia wersja		Wersja z 11:41, 9 lis 2016
Linia 209:		Linia 209:

	Wynikiem symulacji będzie <tt>plik_wynikowy.img</tt> oraz <tt>plik_wynikowy.hd</tt>r. Pliki te znajdują się w jednym katalogu, pierwszy zawiera dane, drugi zawiera nagłówek, czyli opis, jak te dane powinny być interpretowane. Możemy wczytać je, obejrzeć i analizować za pomocą programu ImageJ.		Wynikiem symulacji będzie <tt>plik_wynikowy.img</tt> oraz <tt>plik_wynikowy.hd</tt>r. Pliki te znajdują się w jednym katalogu, pierwszy zawiera dane, drugi zawiera nagłówek, czyli opis, jak te dane powinny być interpretowane. Możemy wczytać je, obejrzeć i analizować za pomocą programu ImageJ.
		+
		+	==Zadanie 3==
		+
		+	Powtórzyć eksperyment Podgorsak et al, Design of X-ray targets for high energy linear accelerators in radiotherapy.
		+	Przyda się jeszcze parę praktycznych uwag:
		+
		+	<source lang='c'>
		+	# Filtr, czyli stożek = cone
		+	/gate/world/daughters/name filtr
		+	/gate/world/daughters/insert cone
		+	/gate/filtr/geometry/setRmax1 12. cm
		+	/gate/filtr/geometry/setRmin1 0. cm
		+	/gate/filtr/geometry/setRmax2 0. cm
		+	/gate/filtr/geometry/setRmin2 0. cm
		+	/gate/filtr/geometry/setHeight 3.4 cm #25.0 cm
		+	/gate/filtr/placement/setTranslation 0. 0. 40. cm
		+	/gate/filtr/placement/setRotationAxis 0 1 0
		+	/gate/filtr/placement/setRotationAngle 180 deg
		+	/gate/filtr/setMaterial Aluminium
		+	/gate/filtr/vis/setColor yellow
		+	#/gate/linac/vis/forceWireframe #forceSolid
		+
		+	</source>
		+
		+	<source lang='c'>
		+	#UWAGA! dodać do skryptu po inicjalizacji
		+
		+	#=====================================================
		+	# ELECTRON BEAM
		+	#=====================================================
		+
		+	/gate/source/addSource mybeam gps #general particle source
		+
		+	/gate/source/mybeam/gps/particle e-
		+	/gate/source/mybeam/gps/pos/type Beam
		+	/gate/source/mybeam/gps/pos/rot1 0 1 0 #wektory wyznaczające płaszczyznę przekroju wiązki
		+	/gate/source/mybeam/gps/pos/rot2 1 0 0
		+	/gate/source/mybeam/gps/pos/shape Circle
		+	/gate/source/mybeam/gps/pos/centre 0 0 -3 cm #położenie
		+	/gate/source/mybeam/gps/pos/sigma_x 1 mm
		+	/gate/source/mybeam/gps/pos/sigma_y 1 mm
		+	/gate/source/mybeam/gps/ene/mono 25 MeV
		+	/gate/source/mybeam/gps/ene/type Gauss #typ rozmycia w funkcji energii
		+	/gate/source/mybeam/gps/ene/sigma 0.5 MeV
		+	/gate/source/mybeam/gps/direction 0 0 1
		+
		+	</source>

← poprzednia wersja		Wersja z 10:41, 24 paź 2016
Linia 208:		Linia 208:


−	Wynikiem symulacji będzie [[plik_wynikowy.img]] oraz [[plik_wynikowy.~~hdr]]~~. Pliki te znajdują się w jednym katalogu, pierwszy zawiera dane, drugi zawiera nagłówek, czyli opis, jak te dane powinny być interpretowane. Możemy wczytać je, obejrzeć i analizować za pomocą programu ImageJ.	+	Wynikiem symulacji będzie <tt>plik_wynikowy.img</tt> oraz <tt>plik_wynikowy.hd</tt>r. Pliki te znajdują się w jednym katalogu, pierwszy zawiera dane, drugi zawiera nagłówek, czyli opis, jak te dane powinny być interpretowane. Możemy wczytać je, obejrzeć i analizować za pomocą programu ImageJ.

@@ Linia 116: / Linia 116: @@
 /gate/actor/addActor                               DoseActor  doseDistribution
-/gate/actor/doseDistribution/save                  output/plik_wynikowy.hdr
+/gate/actor/doseDistribution/save                  nazwa_katalogu/plik_wynikowy.hdr
 /gate/actor/doseDistribution/attachTo    	   moj_fantom
 /gate/actor/doseDistribution/stepHitType           random