TI/Programowanie dla Fizyków Medycznych/Optymalizacja

Optymalizacja jednowymiarowa

import numpy as np
import pylab as py
import time
import scipy.optimize as so

class stoper(object):
    def __init__(self,func):
        self.func=func
    def __call__(self,*args,**kwargs):
        print 'start funkcji '+str(self.func.__name__)
        t0=time.time()
        result=self.func(*args,**kwargs)
        tk=time.time()
        print 'stop funkcji '+str(self.func.__name__)
        print 'czas dzialania: '+str(tk-t0)+' sekund'
        return result

licznikTestowej=0

def testowa(x):
    global licznikTestowej
    licznikTestowej+=1
    return 1/x+np.exp(x)

#xtest=np.arange(0.2,2,0.01)
#ytest=[testowa(x) for x in xtest]
#py.plot(xtest,ytest)
#py.show()

@stoper
def bruteForce(func,xmin,xmax,args=(),xtol=0.01):
    xlist=np.arange(xmin,xmax,xtol)
    ylist=[func(x,*args) for x in xlist]
    #py.plot(xlist,ylist)
    #py.show()
    return xlist[ylist.index(max(ylist))]

#tutaj lepiej bez stopera!
def twoMidPointsR(func,xmin,xmax,args=(),xtol=0.01):
    if xmax-xmin<xtol: return 0.5*(xmax+xmin)
    xL=xmin+(xmax-xmin)/3.0
    xR=xmax-(xmax-xmin)/3.0
    fxL=func(xL,*args)
    fxR=func(xR,*args)
    if fxL>fxR:
        return twoMidPointsR(func,xmin,xR,args,xtol)
    else:
        return twoMidPointsR(func,xL,xmax,args,xtol)

#szuka maximum funkcji
@stoper
def GoldenRatioRearch(func,xmin,xmax,args=(),xtol=0.01):
    golden=0.5*(np.sqrt(5.0)-1.0)
    xL=xmax-golden*(xmax-xmin)
    xR=xmin+golden*(xmax-xmin)
    fxL=func(xL,*args)
    fxR=func(xR,*args)
    while xmax-xmin>xtol: 
        if fxL<fxR:
            xmin=xmin
            xmax=xR
            xR=xL
            fxR=fxL
            xL=xmax-golden*(xmax-xmin)
            fxL=func(xL,*args)
        else:
            xmin=xL
            xmax=xmax
            xL=xR
            fxL=fxR
            xR=xmin+golden*(xmax-xmin)
            fxR=func(xR,*args)
    return 0.5*(xmax+xmin)


#test metody zlotego podzialu
#print GoldenRatioRearch(testowa,0,5,xtol=0.000001)
#print so.fmin(testowa,np.array([1]))[0]

#przypadek z jednym parametrem
def squares(a,func,xlist,ylist):
    return sum([(func(xlist[i],*a)-ylist[i])**2 for i in range(len(xlist))])

#funkcja liniowa
def liniowa(x,a): return x*a

#funkcja kwadratowa
def kwadratowa(x,a,b=0): return a*x*x+b*x


#generujemy przykladowe xlist
xlist=np.arange(0,1,0.001)
#generujemy wartosci funkcji z szumem
ylist=[kwadratowa(x,1.23,-0.73)+0.000001*np.random.randn() for x in xlist]
#py.plot(xlist,ylist)
#py.show()

#lista przeszukiwanych wartosci parametru a
#alist=np.arange(0,10,0.01)
#wartosci squares dla tych parametrow
#squareslist=[squares(a,liniowa,xlist,ylist)for a in alist]
#zobaczmy wykres
#py.plot(alist,squareslist)
#py.show()

#najlepsze dopasowanie metoda brute force
#print bruteForce(squares,0,10,args=(liniowa,xlist,ylist),xtol=0.01)

#najlepsze dopasowanie metoda golden ration funkcji z 1 parametrem
#print GoldenRatioRearch(squares,0,10,args=(liniowa,xlist,ylist),xtol=0.01)
print so.fmin(squares,(1),args=(liniowa,xlist,ylist))

#najlepsze dopasowanie metoda symplexowa z dwoma parametrami
print so.fmin(squares,(1,0),args=(kwadratowa,xlist,ylist))

Optymalizacja wielowymiarowa

import numpy as np
import pylab as py
import scipy.optimize as so

#def squares(a,func,xlist,ylist):
#    return sum([(func(xlist[i],*a)-ylist[i])**2 for i in range(len(xlist))])
#print so.fmin(squares,(1,0),args=(kwadratowa,xlist,ylist))
def rho_cauchy(x,loc,scale):
    return (np.pi*scale*(1.0+(x-loc)**2/(scale**2)))**(-1.0)

def F_cauchy(x,loc,scale):
    return 0.5+np.arctan((x-loc)*1.0/scale)/np.pi


#losujemy 10000 liczb z rozkladu Caychyego o loc=1.23 i scale=2.0
x=2*np.random.standard_cauchy(10000)+1.23
N=len(x)

#METODA 1 - Dopasowanie metoda najmniejszych kwadratow do histogramu

#tworzymy histogram
hist,bins= np.histogram(x,bins=np.linspace(-20,20,61))
#dlugosc przedzialu histogramowania
przedzial=bins[1]-bins[0]
#normalizujemy histogram aby moc go porownac z gestoscia
hist=hist*1.0/len(x)/przedzial
#liczymy wsp. srodkow przedzialow histogramowania
xhist=bins[:-1]+0.5*przedzial
#definiujemy sume kwadratow
def squares((loc,scale)):
    return sum([(rho_cauchy(xhist[i],loc,scale)-hist[i])**2 for i in range(len(hist))])
#szukamy minimum funkcja fmin
fit1=tuple(so.fmin(squares,(0,1)))
print 'wynik metody1 to '+str(fit1)
#ogladamy wynik
py.plot(xhist,hist)
xtest=np.linspace(-20,20,1001)
ytest=[rho_cauchy(a,*fit1) for a in xtest]
py.plot(xtest,ytest)
py.show()


#METODA 2 - Metoda najwiekszej wiarygodnosci

#definiujemy -funkcje wiarygodnosci
def L((loc,scale)):
    return -sum([np.log(rho_cauchy(a,loc,scale)) for a in x])
#szukamy minimum
fit2=tuple(so.fmin(L,(0,1)))
print 'wynik metody2 to '+str(fit2)


#METODA 3 - dopasowanie dystrybuant

xx=sorted(x)
yy=np.linspace(0,1,N)
#definiujemy funkcje KS bedaca maksimum z roznicy miedzy dystrybuanta empiryczna a teoretyczna
def KS((loc,scale)):
    return max([abs(F_cauchy(xx[i],loc,scale)-yy[i]) for i in xrange(N)])
#szukamy minimum
fit3=tuple(so.fmin(KS,(0,1)))
print 'wynik metody3 to '+str(fit3)
#ogladamy wynik
cut=100
py.plot(xx[cut:-cut],yy[cut:-cut])
xtest=np.linspace(-20,20,1001)
ytest=[F_cauchy(x,*fit3) for x in xtest]
py.plot(xtest,ytest)
py.show()

Zadanie

Napisz data container...

import numpy as np
import pylab as py
import time
import scipy.optimize as so

class funkcja(object):
    def __init__(self,*args):
        self.args=args
    def __str__(self):
        return 'to jest funkcja o nazwie '+self.__class__.__name__+' i argumentach '+str(self.args)

class liniowa(funkcja):
    def __call__(self,x):
        return self.args[0]*x*x+self.args[1]

class DataContainer(object):
    def __init__(self,x,y):
        self.x=np.array(x)
        self.y=np.array(y)
        self.n=len(x)
    def __str__(self):
        return '''to jest Data Container z danymi:
x[:10]:'''+str(self.x[:10])+'''
y[:10]:'''+str(self.y[:10])

    def fit(self,funkcja):
        parametry_poczatkowe=funkcja.args
        def squares(parametry):
            funkcja.__init__(*tuple(parametry))
            return sum((map(funkcja,self.x)-self.y)**2)
        parametry_dopasowane=so.fmin(squares,parametry_poczatkowe)
        funkcja.__init__(*tuple(parametry_dopasowane))
        return funkcja


#generujemy przykladowe xlist
xlist=np.arange(0,1,0.001)
#generujemy wartosci funkcji z szumem
f=liniowa(1.23,-0.73)
ylist=[f(x)+0.05*np.random.randn() for x in xlist]
        
d=DataContainer(xlist,ylist)
f=liniowa(1,2)
f=d.fit(f)
py.plot(d.x,d.y)
py.plot(d.x,map(f,d.x))
py.show()

TI/"Programowanie dla Fizyków Medycznych"