Obrazowanie:Obrazowanie Medyczne/ImageJ cwiczenia

Ćwiczenia z Obrazowania medycznego z wykorzystaniem programu ImageJ

Otwórz program ImageJ.

1. Rozdzielczość

Wykonaj fantom do analizy rozdzielczości. Na przykład taki:

W tym celu

1. utwórz nowy obraz: File->New->Image i podaj jego rozmiary 128 x 128 punktów.
2. wejdź do okna Process->Math->Macro i wpisz w linijce: v=128*sin(2*PI/32*x)+128. Jak widzisz takie funkcje jak sinus lub taką wielkość jak PI są w programie predefiniowane.(np. potęgę trzecią osiąga się funkcją pow(x,3), a pierwiastek sqrt(x) itp.)
3. zapisz obraz we własnym katalogu

Zastanów się jak

1. zmienić częstość przestrzenną fantomu. Stwórz i zapisz dwa inne fantomy o większej częstości.
2. utworzyć fantom o symetrii kołowej, na przykład taki:
3. utworzyć fantom o zmiennej częstości, na przykład taki:

Aby utworzyć fantom zawierający funkcję schodkową (a nie sinusoidalną) proponuję wykonać własne makro.

1. wybierz Plugins->New->Macro
2. skopiuj poniższy skrypt
3. uruchom makro w okienku edytora: Macros->Run macro (ctrl+R)

//to jest komentarz. Poniżej znajduje się zawartość makra tworzacego fantom z funkcją schodkową
imax=512;
jmax=512;
T=32;
newImage ("rozdzielczosc", "8-bit black", imax, jmax, 1);
for (i=0; i<imax; i++)
  for (j=0; j<jmax; j++) {
    if (i%T<T/2)
      setPixel(i, j, 255);
    else
      setPixel(i, j, 0);
  }

Jeśli chcesz obejrzeć profil jakiejś części fantomu, możesz zaznaczyć obszar i wybrać Analyze->Plot profile (ctr+K). Jest możliwe obejrzeć też profil wzdłuż linii, jeśli taką się zaznaczy na obrazie.

1. Zaobserwuj jak wpłynie na rozdzielczość dodanie szumu do każdego z tych fantomów: Process->Noise->Add noise.
2. Wykonaj analizę FFT fantomów: Process->FFT->FFT. Pomnóż uzyskany obraz przez funkcję, która usunie niskie częstości lub wysokie częstości i wykonaj odwrotną transformację Fouriera: Process->FFT->Inverse FFT.

Np. pomnożenie przez dwuwymiarową funkcję Gaussa można wykonać tak: v=v*exp(-(pow(64-x,2)+pow(64-y,2))/100)

Filtrowanie za pomocą splotu

1. utwórz nowy obraz o wymiarach 15 x 15
2. wypełnij go funkcją Gaussa, np. v=exp(-pow(d,2)/10)*255
3. zamień obraz na liczby: Image->Transform->Image to results
4. skopiuj całą tabelę (zaznacz w opcjach okienka wyników Results->Options, by nie kopiować nagłówków kolumn i wierszy)
5. wróć do obrazka z fantomem
6. wybierz Process->Filters->Convolve i wklej tam zawartość swojego Gaussa