TI/Pracownia wykorzystania zasobów internetowych/BIOLOGICZNE BAZY DANYCH – WSTĘP

Wstęp

Biologiczne i biomedyczne bazy danych to „kopalnie” informacji z dziedziny nauk przyrodniczych, pochodzących z eksperymentów naukowych i projektów wielkoskalowych, artykułów naukowych i analiz komputerowych. Zawierają m. in. dane dotyczące sekwencji, funkcji i struktury genów oraz białek, efektów klinicznych mutacji, ścieżek metabolicznych jak również podobieństw między sekwencjami i strukturami.

Raz w roku czasopismo „Nucleic Acids Research” publikuje listę wszystkich dostępnych baz biologicznych, wraz z ich adresami internetowym i krótkim opisem bazy. W roku 2011 lista ta obejmowała 1330 pozycji (http://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/).

Przydatne linki

ExPASy (Expert Protein Analysis System) — http://www.expasy.ch/, serwer proteomiczny Swiss Institute of Bioinformatics (SIB, Genewa, Szwajcaria), współpacujący z European Bioinformatics Institute (EBI) oraz z Protein Information Resource (PIR).

European Bioinformatics Institute (EBI, Hinxton, UK) — http://www.ebi.ac.uk/, wchodzi w skład European Molecular Biology Labolatory (EMBL), jednostki wspieranej przez 16 krajów (Europa zachodnia i Izrael).

National Center for Biotechnology Information (NCBI, Bethesda, USA) — http://www.ncbi.nlm.nih.gov/, wchodzi w skład National Library of Medicine (NLM) przy National Institutes of Health (NIH). Gromadzi informacje dotyczące sekwencji nukleotydowych (w bazie [wikipl:GenBank|]]), sekwencji białkowych (Protein), artykułów biomedycznych (PubMed), małych cząsteczek biologicznych (PubChem) a także inne informacje dotyczące biotechnologii. Wszystkie te bazy danych są dostępne w sieci przez wyszukiwarkę Entrez.

International Nucleotide Sequence Database Collaboration — http://insdc.org/, międzynarodowa baza wszystkich publicznie dostępnych sekwencji nukleotydowych oparta na współpracy między trzema bazami: DDBJ (DNA Data Bank of Japan, http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html), ENA (European Nucleotide Archive, http://www.ebi.ac.uk/ena/), GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/).

Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) — http://www.wwpdb.org/index.html, ogólnoświatowa baza struktur molekularnych, zawierająca w lutym 2011 r. 71415 struktur, założona przez RCSB PDB (http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do; USA), PDBe (http://www.ebi.ac.uk/pdbe/; Europa) i PDBj (http://www.pdbj.org/; Japonia).