"Programowanie dla Fizyków Medycznych"/DICOM

Z Brain-wiki
Wersja z dnia 15:47, 10 sty 2018 autorstwa Jginter (dyskusja | edycje) (Utworzono nową stronę "==Struktura plików DICOM== Prace nad ustandaryzowaniem wymiany danych graficznych pomiędzy urządzeniami medycznymi rozpoczęły się już w 1983 w ramach współprac...")
(różn.) ← poprzednia wersja | przejdź do aktualnej wersji (różn.) | następna wersja → (różn.)

Struktura plików DICOM

Prace nad ustandaryzowaniem wymiany danych graficznych pomiędzy urządzeniami medycznymi rozpoczęły się już w 1983 w ramach współpracy American College of Radiology (ACR) i National Electrical Manufactures Association (NEMA). Pierwsza wersja standardu pojawiła się dwa lata później i nosiła nazwę ACR/NEMA 300 V1.0. Wersja ta umożliwiała zapis danych w odpowiednim formacie oraz ujednolicony sposób transferu plików za pomocą sieci lub nośników zewnętrznych. W 1988 roku pojawiła się druga wersja standardu ACR/NEMA V2.0, która opierała się na ujednoliconej terminologii, strukturze informacji odpowiednim kodowaniu danych. Wraz z rozwijaniem standardów pojawiały się nowe zapotrzebowania. Ostatni oficjalna wersja to DICOM 3.0 (Digital Imaging and COmmunications in Medicine) z 1992. Standard ten jest w dalszym ciągu uaktualniany.


Dokumentacja

Standard DICOM jest zorganizowany w postaci wieloczęściowego dokumentu (Rys. %i 1) i uaktualniany corocznie w postaci Suplementów.

Obejrzyj stronę domową standardu DICOM: http://dicom.nema.org/, w szczególności: Strategic Document & Principal Contacts

Poszczególne dokumenty są poświęcone strukturze danych, sposobom kodowania, archiwizacji, wymiany informacji oraz aspektom bezpieczeństwa danych. Na zajęciach skupimy się na następujących częściach dokumentacji:

  • PS 3.1: Introduction and Overview – wprowadzenie oraz informacje podstawowe na temat standardu
  • PS 3.2: Conformance – definicje podstawowych zasad oraz pojęć
  • PS 3.3: Information Object Definitions – definicje atrybutów czyli informatyczna reprezentacja fizycznych danych
  • PS 3.4: Service Class Specifications – obsługa informatycznych reprezentacji danych
  • PS 3.5: Data Structure and Encoding – struktura danych oraz sposób ich kodowania
  • PS 3.6: Data Dictionary – spis wszystkich możliwych atrybutów
    Dokumentacja standardu DICOM.

DICOM-Meta-Information-Header

Dane zawarte w każdym pliku DICOM podzielone są na dwie części:

  • część zawierającą informacje o pliku (Dicom-Meta-Information-Header)
  • dane jednego obiektu Service-Object Pair Instance (Dicom-Data-Set)

Model informacji określa format danych dla różnych typów informacji, takich jak: obrazy, przebiegi czasowe, obiekty graficzne, raporty, wydruki itp. Dane są grupowane w tematycznych zbiorach (ang. Entities) oraz podzbiorach (ang. Modules). Każdy moduł tworzony jest przez zbiór atrybutów.

  1. podstawowa jednostka danych: Data Element
  2. strumień informacji: Data Set

Data Element stanowi podstawową jednostkę danych, opisywany jest przy pomocy:

  • identyfikatora elementu danych (Tag) złożonego z dwóch liczb określających: grupę (Group) oraz element grupy (Element), zapisywanych w postaci liczb heksadecymalnych,
  • typu danych (Value Representation), określonego w postaci pary liter w kodzie ASCII i umożliwiającego poprawną interpretację danych,
  • rozmiaru elementu (Value Length) wyrażonego w bajtach,
  • informacji takich jak: nazwisko pacjenta, rozdzielczość obrazu

Strumień informacyjny (Data Set) jest uporządkowanym strumieniem elementów danych.


Struktura Data Element.


Zadanie 1. Skopiuj na Pulpit katalog DICOM i na podstawie dokumentów w nim zawartych znajdź wyjaśnienie następujących oznaczeń:

  • (0008,0020): 20120510
  • (0008,0030): 101714
  • (0008,0060): MG
  • (0008,0070): SIEMENS
  • (0008,0080): Ovarian Screening, St Barts
  • (0010,0010): xxx
  • (0010,0040): 0

Rozwiązanie:

  • (0008,0020): 20120510 - Study Date
  • (0008,0030): 101714 - Study Time
  • (0008,0060): MG - Modality
  • (0008,0070): SIEMENS - Manufacturer
  • (0008,0080): Ovarian Screening, St Barts - Institution Name
  • (0010,0010): xxx - Patient's Name
  • (0010,0040): 0 - Patient's Sex


Zadanie 2. 56-letnia Janina Kowalska zgłosiła się do Centrum Onkologii z podejrzeniem nowotworu mózgu. 15 lutego 2013 roku zostało wykonanie badanie za pomocą pozytonowej tomografii emisyjnej wykonane na tomografie firmy GE. W czasie badania pacjentka leżała na prawym boku. Za pomocą odpowiednich atrybutów zapisz te informacje w formie pliku DICOM.

Rozwiązanie:

  • (0010,0010): Kowalska Janina
  • (0010,0040): F
  • (0010,1010): 56
  • (0008,0080): Centrum Onkologii
  • (0008,0020): 20130215
  • (0008,0060): PT
  • (0008,0070): GE
  • (0018,5100): HFDR