Laboratorium EEG/Konwerter plików Svarog–Matlab: Różnice pomiędzy wersjami

Z Brain-wiki
Linia 15: Linia 15:
 
Jak wczytać plik tekstowy do Maltaba? Wskazówką niech będzie przykład ze zliczaniem liter w poprzednim rozdziale. Różnica jest tylko taka, że tam traktowaliśmy litery tekstu jako liczby, a teraz potrzebujemy znaków tekstowych. Musimy zastosować inny typ wczytywanych danych: <tt>*char</tt>.
 
Jak wczytać plik tekstowy do Maltaba? Wskazówką niech będzie przykład ze zliczaniem liter w poprzednim rozdziale. Różnica jest tylko taka, że tam traktowaliśmy litery tekstu jako liczby, a teraz potrzebujemy znaków tekstowych. Musimy zastosować inny typ wczytywanych danych: <tt>*char</tt>.
  
Jeśli udało nam się wczytać plik XML i mamy go w postaci wektora znaków w Matlabie, następnym krokiem będzie wyszukanie w tym tekście potrzebnych nam informacji. Czego będziemy szukać w naszym pliku XML? Jak łatwo zauważyć potrzebne nam informacje „opakowane” są specjalnymi znacznikami. Na przykład nazwa „właściwego” pliku danych zawarta jest pomiędzy znacznikiem <rs: exportFileName> a znacznikiem </rs : exportFileName>. Wystarczy więc znaleźć początek i koniec każdego znacznika, a następnie „pobrać” informację spomiędzy tych pozycji.
+
Jeśli udało nam się wczytać plik XML i mamy go w postaci wektora znaków w Matlabie, następnym krokiem będzie wyszukanie w tym tekście potrzebnych nam informacji. Czego będziemy szukać w naszym pliku XML? Jak łatwo zauważyć potrzebne nam informacje „opakowane” są specjalnymi znacznikami. Na przykład nazwa „właściwego” pliku danych zawarta jest pomiędzy znacznikiem <tt><rs:exportFileName></tt> a znacznikiem <tt></rs:exportFileName></tt>. Wystarczy więc znaleźć początek i koniec każdego znacznika, a następnie „pobrać” informację spomiędzy tych pozycji.
Do przeszukiwania tekstów mamy dostępnych kilka różnych funkcji. Funkcje findstr i strfind mają w naszym przypadku mniejsze zastosowanie, gdyż operują na tekstach jednowierszowych (bez znaków nowego wiersza), a nasz tekst jest wielo wierszo wy. Na szczęście jest funkcja regexp, która poszukuje wyrażeń znakowych w wektorach znaków. Na dodatek zwraca indeksy początków i końców każdego znalezionego fragmentu!
+
 
 +
Do przeszukiwania tekstów mamy dostępnych kilka różnych funkcji. Funkcje <tt>findstr</tt> i <tt>strfind</tt> mają w naszym przypadku mniejsze zastosowanie, gdyż operują na tekstach jednowierszowych (bez znaków nowego wiersza), a nasz tekst jest wielo wierszo wy. Na szczęście jest do dyspozycji funkcja <tt>regexp</tt>, która poszukuje wyrażeń znakowych w wektorach znaków. Na dodatek zwraca indeksy początków i końców każdego znalezionego fragmentu!
 +
 
 
Wskazówki:
 
Wskazówki:
Transpozycję macierzy uzyskujemy dopisując apostrof ' na końcu transponowanego wyrażenia.
+
* Transpozycję macierzy uzyskujemy dopisując apostrof <tt>'</tt> na końcu transponowanego wyrażenia.
Aby z tekstu (zawierającego cyfry) zrobić liczbę stosujemy funkcję strżdouble.
+
* Aby z tekstu (zawierającego cyfry) zrobić liczbę stosujemy funkcję <tt>str2double</tt>.
 +
 
 
Jeśli już wszystko wiemy na temat naszych danych, możemy je odczytać. Dane są zapisane w formacie binarnym, a jego struktura jest następująca (przy założeniu k kanałów i długości danych A próbek):
 
Jeśli już wszystko wiemy na temat naszych danych, możemy je odczytać. Dane są zapisane w formacie binarnym, a jego struktura jest następująca (przy założeniu k kanałów i długości danych A próbek):
  

Wersja z 12:15, 29 lut 2016

Laboratorium_EEG/Konwerter

Konwerter plików Svarog-Matlab

Do zbierania danych podczas eksperymentów używamy na pracowniach programu Svarog. Zapisuje on pliki z danymi w postaci binarnej, natomiast cala informacja o strukturze takiego pliku danych (tzw. metadane) przechowywana jest w osobnym pliku typu XML. Aby móc analizować nasze pliki danych w Matlabie musimy umieć wczytać i odpowiednio interpretować posiadane pliki danych, niestety nie mamy już gotowej funkcji dla plików zapisywanych przez Svaroga, a także dostępne funkcje do obróbki zbiorów typu XML nie nadają się do tego celu.

Jak łatwo się domyśleć, pierwszym krokiem musi być „wyciągnięcie” z pliku XML podstawowych informacji o zapisanych danych. Jest to plik tekstowy, który możemy otworzyć w edytorze tekstu (na przykład matlabowym), ale ta metoda nie jest szczególnie użyteczna. Wczytajmy więc ten plik do Matlaba i postarajmy się automatycznie znaleźć wszystkie potrzebne informacje. Będą to:

  • nazwa pliku z danymi;
  • liczba zapisanych kanałów;
  • częstość próbkowania danych;
  • liczba zapisanych próbek;
  • nazwy kanałów;
  • wzmocnienie (gain) i poziom (offset) w każdym kanale;
  • czas rozpoczęcia rejestracji.

Jak wczytać plik tekstowy do Maltaba? Wskazówką niech będzie przykład ze zliczaniem liter w poprzednim rozdziale. Różnica jest tylko taka, że tam traktowaliśmy litery tekstu jako liczby, a teraz potrzebujemy znaków tekstowych. Musimy zastosować inny typ wczytywanych danych: *char.

Jeśli udało nam się wczytać plik XML i mamy go w postaci wektora znaków w Matlabie, następnym krokiem będzie wyszukanie w tym tekście potrzebnych nam informacji. Czego będziemy szukać w naszym pliku XML? Jak łatwo zauważyć potrzebne nam informacje „opakowane” są specjalnymi znacznikami. Na przykład nazwa „właściwego” pliku danych zawarta jest pomiędzy znacznikiem <rs:exportFileName> a znacznikiem </rs:exportFileName>. Wystarczy więc znaleźć początek i koniec każdego znacznika, a następnie „pobrać” informację spomiędzy tych pozycji.

Do przeszukiwania tekstów mamy dostępnych kilka różnych funkcji. Funkcje findstr i strfind mają w naszym przypadku mniejsze zastosowanie, gdyż operują na tekstach jednowierszowych (bez znaków nowego wiersza), a nasz tekst jest wielo wierszo wy. Na szczęście jest do dyspozycji funkcja regexp, która poszukuje wyrażeń znakowych w wektorach znaków. Na dodatek zwraca indeksy początków i końców każdego znalezionego fragmentu!

Wskazówki:

  • Transpozycję macierzy uzyskujemy dopisując apostrof ' na końcu transponowanego wyrażenia.
  • Aby z tekstu (zawierającego cyfry) zrobić liczbę stosujemy funkcję str2double.

Jeśli już wszystko wiemy na temat naszych danych, możemy je odczytać. Dane są zapisane w formacie binarnym, a jego struktura jest następująca (przy założeniu k kanałów i długości danych A próbek):


Kolejne kratki oznaczają tu kolejne liczby w pliku. Format taki nazywamy przeplatanym lub multipleksowanym. Jeśli plik nie jest bardzo duży możemy go w całości wczytać do Matlaba. Operacja jest w zasadzie analogiczna do wczytania pliku XML, z taką różnicą, że teraz typ wczytywanych danych jest double (lub inny, w zależności od informacji z pliku XML). Po udanym wczytaniu danych, w pamięci mamy zmienną zawierającą dane z pliku o postaci wektora jak na przedstawionym powyżej rysunku. Należy go przekształcić do postaci macierzy o właściwych rozmiarach komendą reshape (dane, (liczba_kanalow, liczba_probek) ) albo dane.reshape((liczba_kanalow,liczba_probek)). Ostatnim etapem przygotowywania danych będzie zastosowanie odpowiedniego montażu — oczywiście jako procedury w Matlabie.


Laboratorium_EEG/Konwerter