Tekst źródłowy strony TI/Pracownia wykorzystania zasobów internetowych/BAZY MIEJSC FUNKCYJNYCH, MOTYWÓW, DOMEN I RODZIN BIAŁKOWYCH


==PROSITE ==
(http://expasy.org/prosite/;  user manual: http://expasy.org/prosite/prosuser.html)

===Zadanie 1===
Wejdź na stronę '''EXPASY''' ([http://expasy.org/ http://expasy.org/]). Wybierz '''''ScanProsite''''' w '''''Tools&Software''''' lub '''''PROSITE''''' (w '''''Databases''''') i wejdź w '''''ScanProsite'''''. Wpisz '''P12259'''' w okienku po lewej stronie (Swiss-Prot accession numer), odhacz “[http://expasy.org/tools/scanprosite/scanprosite-doc.html#excluded_motifs Exclude motifs with a high probability of occurrence]”, zaznacz ”[http://expasy.org/tools/scanprosite/scanprosite-doc.html#no_profiles Do not scan profiles]”  i wciśnij '''''START THE SCAN'''''.
<ol type="A"><li>Jakiego białka dotyczy wyszukana sekwencja? 
<li>Ile uzyskałaś/eś wszystkich wyników wyszukiwania? Ile wśród nich to motywy o wysokim prawdopodobieństwie występowania? 
<li>Jakie charakterystyczne motywy zostały zidentyfikowane dla naszej sekwencji? Jeśli istnieją, obejrzyj ich strukturę 3D.
<li> Jakie domeny zawiera i do jakiej rodziny białek należy? 
<li>Jaka wygląda wzór sekwencyjny dla motywu ''Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1''?<br/>
''Oznaczenia'': x – dowolny aminokwas, [] – różnorodność, () – powtórzenia, {} – wykluczenie
<li>Przyjrzyj się motywowi dotyczącemu ''N-myristoylation site''. Czy jest możliwe, by motyw ten znajdował się w naszej sekwencji? </ol>

===Zadanie 2===
Przeprowadź w PROSITE wyszukiwanie profili i wzorów (patterns) dla poniższej sekwencji (zaznacz „[http://expasy.org/tools/scanprosite/scanprosite-doc.html#excluded_motifs Exclude motifs with a high probability of occurrence]”):
	
 MERCGAVVSCVFAVILVLQLGLTPIMAQQEQQIGIAGKEVILSCKAINNQKDGTCTWKYK
 YKEVSSTIISFSKAQVFKGKAPMTHRSELNSNSKKLKVSDLSLDDAGIYTCACYSPVVSI
 SLHVFKLTISSNGHFLTNEDLELTLMQNSSHSQPHLSIKLFNINNDIVTTEILQEEAPQK
 YILKLKQLKAIDSGTWMCHVYSNSPSINQNISFDVKVLGFEKERLEIIYTTVGNTAILSW
 RLNFRKIKWKEGFTGKLNWEPQGNTAIHELLNFSVTTHQELHKTKKSNHIWFEISEGKTD
 GTMDVKIPKVQLNHSGQYKCQLEINGRRTESVRALVVMQVTAIPAGPLSRGGKMTLLCQV
 SGPLPSNAHLLWERVNGTQMEMKKSKQHEAKVEVNVSAPGLWNCHLVEDNNKKISLNYTV
 EEAHVWNSYAVIGIIIGASVLVIGLACMCIITGMRWQRRRKRARRMAQAKQYLLEKKTCQ
 CQRRMYK

<ol type="A"><li>Jaką domenę/domeny zostały zidentyfikowane dla powyższej sekwencji? Czy występują w nich mostki disiarczkowe? Jeśli tak, to między którymi aminokwasami? 
<li> Wejdź do opisu profilu. Co na ich podstawie możesz powiedzieć o poszukiwanym białku? 
<li> Używając bazy UniProt zidentyfikuj powyższą sekwencję. Jakiego białka dotyczy? Z jakiego pochodzi organizmu? 
<li> Używając bazy PROSITE odpowiedz,  jak wiele ludzkich białek zawiera domenę zidentyfikowaną w punkcie A) powtórzoną co najmniej czterokrotnie? Przy wyszukiwaniu posłuż się charakterystycznym numerem profilu (ACCESSION NUMBER), zastosuj odpowiedni filtr (TAXONOMY – homo sapiens), a w części „'''''Output'''''” w „''Show only sequences with at least ___ hit(s)''” wpisz odpowiednią liczbę.	</ol>

== INTERPRO (http://www.ebi.ac.uk/interpro/)==

===Zadanie 1 ===
Wejdź na stronę InterPro (http://www.ebi.ac.uk/interpro/)
<ol type="A"><li>Jakie bazy możesz przeszukiwać? Wskazówka: wejdź w zakładkę '''''InterPro Scan'''''.
<li>Wpisz w okienku wyszukiwania '''O15075''' (UniProt accession numer). Ile różnych pozycji bazy InterPro (ale nie indywidualnych sygnatur) otrzymałaś/eś? Ile domen możesz wyróżnić w sekwencji?
<li>Kliknij na link <u>'''IPR000719'''</u>, aby zobaczyć opis dotyczący tej pozycji. Jak jest nazwa domeny? Ile i jakie sygnatury składają się na tę domenę? W ilu białkach występują te sygnatury? W jakiego typu organizmach występuje ta domena? 
<li>Wróć na stronę z wynikami wyszukiwania i przejdź do części '''''Structural Features'''''. Dla jakiego fragmentu białka znana jest struktura 3D? Jakiej domenie odpowiada? 
<li>Obejrzyj tę domenę używając '''''AstexViewer''''' (ikonka [[Plik:ikonka.png]]  przy strukturze domeny w '''SCOP''' lub '''CATCH'''). Jaka jest struktura drugorzędowa domeny? Ile widzisz ligandów i jakie? Z jakimi residuami tworzą wiązania wodorowe?</ol>

===Zadanie 2===
Używając '''''InterPro Scan''''' wyszukaj charakterystyczne motywy w poniżej sekwencji:

 MDVFSFGQGN NTTASQEPFG TGGNVTSISD VTFSYQVITS LLLGTLIFCA VLGNACVVAA
 IALERSLQNV ANYLIGSLAV TDLMVSVLVL PMAALYQVLN KWTLGQVTCD LFIALDVLCC
 TSSILHLCAI ALDRYWAITD PIDYVNKRTP RRAAALISLT WLIGFLISIP PMLGWRTPED
 RSDPDACTIS KDHGYTIYST FGAFYIPLLL MLVLYGRIFR AARFRIRKTV RKVEKKGAGT
 SLGTSSAPPP KKSLNGQPGS GDWRRCAENR AVGTPCTNGA VRQGDDEATL EVIEVHRVGN
 SKEHLPLPSE SGSNSYAPAC LERKNERNAE AKRKMALARE RKTVKTLGII MGTFILCWLP
 FFIVALVLPF CESSCHMPAL LGAIINWLGY SNSLLNPVIY AYFNKDFQNA FKKIIKCKFC R

<ol type="A"><li>Określ, które pozycje bazy InterPro dotyczą domen, rodzin, miejsc itp. Jakie są powiązania między nimi? 
<li>W ilu sekwencjach występują? W jakich organizmach?
<li>Która z pozycji jest najbardziej specyficzna?</ol>