TI/Pracownia wykorzystania zasobów internetowych/BAZY SEKWENCJI BIAŁKOWYCH – UNIPROT

Przeszukiwanie UniProt przy użyciu Text Search

Zadanie 1

Na stronie domowej Uniprot (http://www.uniprot.org/) w okienku Query (u góry strony) wpisz: Myosin light chain kinase. Upewnij się, że w okienku Search in figuruje „Protein Knowledgebase (UniProtK)”. Wciśnij Search. Ile jest wszystkich wyników wyszukiwania? Ile znaleziono w bazie Swiss-Prot? Aby ograniczyć liczbę wyników przejdź do Advanced Search (u góry z prawej). W okienku Field wybierz „Organizm [OS]”, okienku Term wpisz „Human”, wybierz „Human[9606]”, kliknij Add & Search. Ile tym razem wyników otrzymałaś/eś?

Opis wyniku wyszukiwania — informacje ogólne

Aby obejrzeć opis dotyczący konkretnej pozycji, należy kliknąć na hiperlink w pierwszej kolumnie (Accession).

Zadanie 1

Kliknij na Q15746. Na pasku znajdującym się bezpośrednio nad tekstem opisu, kliknij Entry info. W którym roku białko znalazło się w bazie Swiss-Prot? Ile było różnych wersji sekwencji?

Zadanie 2

Przejdź do Names and origin. Jakie są inne nazwy białka? Jak nazywa się kodujący je gen?

Zadanie 3

Kliknij na “EC=2.7.11.18” (kod enzymu; Ezyme Nomenclature Committee). Przenosisz się do bazy ENZYME. Czy są podane inne nazwy dotyczące tego enzymu? Jaką reakcję katalizuje ta kinaza?

Zadanie 4

Przejdź do Protein attributes. Czy są przesłanki świadczące o obecności kinazy na poziomie białkowym?

Opis wyniku wyszukiwania — komentarze

Zadanie 1

Przejdź do Ontologies. Terminy, które tu znajdziesz dadzą Ci pogląd na temat czym jest poszukiwane białko. Jakie ligandy wiąże kinaza? W jakich procesach biologicznych bierze udział? Jaka jest jej molekularna funkcja?

Zadanie 2

Przejdź do General annotation. Ta część opisu jest sporządzana na podstawie danych literaturowych. Jaką funkcję pełni nasze białko? Jaką rolę odgrywają modyfikacje post-translacyjne? Jakie domeny posiada?

Opis wyniku wyszukiwania — sekwencja

Zadanie 1

Przejdź do Alternative products. Ile jest różnych izoform naszego białka? Czym się różnią? Czy wszystkie posiadają aktywność katalityczną? Jakiego fragmentu brakuje w Izoformie 6? Jaka jest jej alternatywna nazwa?

Zadanie 2

Przejdź do Sequences annotation (Features). Jest to miejsce, gdzie możesz dowiedzieć się więcej o charakterystycznych cechach sekwencji (domenach, miejscu aktywnym, modyfikowanych aminokwasach, różnicach między izoformami). Jaka jest pozycja aminokwasów należących do domeny mającej aktywność kinazy białkowej? Wyjaśnij, dlaczego telokina nie posiada aktywności katalitycznej. Jaka jest różnica między izoformami 1 i 5? Jaka jest pozycja miejsca aktywnego (akceptor protonu)? Jaki to aminokwas? Jaka reszta odpowiada za wiązanie ATP? Ile modyfikowanych aminokwasów występuje w białku? Na czym polegają modyfikacje?

Zadanie 3

Przejdź do Sequences. Wybierz ProtParam (w okienku Tools) i wciśnij Go. Kliknij na „CHAIN 1-1914”. Ile wynosi masa cząsteczkowa naszego białka, punkt izoelektryczny, współczynnik ekstynkcji w 280 nm? Czy kinaza jest stabilnym białkiem? Jaki jest przewidywany połówkowy czas życia? Ile reszt tryptofanowych i tyrozynowych zawiera?

Zadanie 4

Porównaj sekwencję izoformy 1 i 2. Zaznacz pola po lewej stronie I1 i I2 i na zielonym pasku na dole strony, kliknij Aligne.

Opis wyniku wyszukiwania — struktura

Zadanie 1

Przejdź ponownie do Sequences annotation (Features). W części Secondary Structure kliknij Details Co możesz powiedzieć o strukturze drugorzędowej białka?

Zadanie 2

Przejdź do Cross references i znajdź podrozdział dotyczący struktur trójwymiarowych (3D structure database), Znajdziesz tu wszystkie eksperymentalnie wyznaczone struktury zdeponowane w PDB oraz przewidziane na podstawie homologii (ModBase), jeśli takie istnieją. Jakimi metodami uzyskano struktury? Czy znana jest struktura całego białka? Obejrzyj struktury w różnych bazach (PDB, PDBe, PDBj).

Przeszukiwanie bazy UniProt przy pomocy narzędzia BLAST

Zadanie 1

Kliknij na okienko Blast (u góry strony, na szarym pasku). Sekwencja ludzkiej kinazy MYLK powinna znajdować się w okienku wyszukiwania. W okienku Database wybierz UniProtKB/Swiss-Prot. Jakie białka są najbardziej podobne do ludzkiej kinazy (nie licząc izoform MYLK)? Jaki jest % podobieństwa?

Zadanie 2

Na stronie z wynikami wyszukiwania zaznacz okienka (z lewej strony) odpowiadające MYLK (Q15746) i dwóm najbardziej podobnym białkom i wciśnij Aligne. Zlokalizuj rejony o wysokim i niskim stopniu podobieństwa.

(„*” — identyczne reszty, „:” — podstawienie konserwatywne, „.” — semi-konserwatywne, „-” — przerwa)

Zadanie 3

Czy białka te mają podobne rejony hydrofobowe i polarne? Co możesz powiedzieć o położeniach reszt tyrozynowych i treoninowych? (zaznacz odpowiednie okienko w Amino acid properties)

Zadanie 4

Jakie informacje dotyczące cech sekwencji są dostępne dla naszych białek (Sequence annotation). Znajdź ich położenie w sekwencji.