TI/Pracownia wykorzystania zasobów internetowych/BAZY SEKWENCJI NUKLEOTYDOWYCH – GENBANK

Z Brain-wiki

Zadanie 1

Jakie są różnice między genami i genomami pochodzącymi z organizmów prokariotycznych i eukariotycznych.?

Zadanie 2

Przejdź na stronę GenBanku (na stronie głównej NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ wybierz Nucleotide w okienku Popular Resources, alternatywnie w okienku wyszukiwania wybierz Nucleotide). W okienku wyszukiwania wpisz X01714 (GenBank ID). Odpowiedz na pytania:

  1. Z jakiego organizmu pochodzi wyszukana sekwencja i jakiego jest typu (RNA, DNA)?
  2. Co koduje? Ile par zasad zawiera?
  3. Jakie jest położenie promotora? W którym miejscu rozpoczyna się transkrypcja?
  4. Ile sekwencji kodujących zawiera? Która koduje znane białko?

objaśnienia skrótów: RBS — Ribosome Binding Site, CDS — CoDing Segment

Zadanie 3

Wyszukaj informację na temat sekwencji AF018430.

  1. Z jakiego organizmu pochodzi?
  2. Z jakim genem jest związana? Czy zawiera pełen gen?
  3. Na którym chromosomie znajduje się gen zawierający wyszukaną sekwencję?
  4. Ile różnych sekwencji zawartych w GenBank potrzeba do rekonstrukcji genu i sekwencji mRNA kodującej białko?
  5. Ile różnych wersji mRNA powstaje w wyniku alternatywnego splicingu. Jakie są ich produkty białkowe?
  6. Jaki fragment wyszukanej sekwencji to ekson? Czy występuje on w obu wersjach CDS?

Oznaczenia: znak „<” na początku formuły dotyczącej opisu sekwencji danego obiektu (gene, mRNA) oznacza, że gen może zacząć się prze oznaczoną pozycją; znak „>” na końcu formuły oznacza, że gen może rozciągać się za oznaczoną pozycję.

Zadanie 4

Wyszukaj informację na temat sekwencji AB001981. Odpowiedz na pytania:

  1. Z jakiego organizmu pochodzi sekwencja?
  2. Ile genów zawiera sekwencja? Jakie białka kodują te geny?
  3. Ile eksonów zawiera każdy z genów? Jakim fragmentom sekwencji odpowiadają?
  4. Jaką trójką nukleotydową zaczyna się i kończy każdy z regionów CDS?
  5. Obejrzyj sekwencję w modzie graficznym.

Zadanie 5

Wyszukaj informacje dotyczące genu kodującego ludzką insulinę. Przy konstrukcji zapytania użyj odpowiednich tagów lub ogranicz wyszukiwanie do konkretnych obszarów. Pomocny może być opis obszarów wyszukiwania i odpowiadających im tagów (kliknij na zakładkę HELP na stronie GenBank i wyszukaj Search Field). Odpowiedz na pytania:

  1. Z ilu sekwencji zdeponowanych w bazie GenBank składa się poszukiwany gen? Jakie są ich numery ID (ACCESSION)? Które nukleotydy tworzą gen?
  2. Jaki jest numer ID poszukiwanego genu?
  3. Na którym chromosomie leży gen inuliny?
  4. Co możesz powiedzieć o modyfikacjach postranslacyjnych pierwotnego produktu białkowego na podstawie opisu genu?

Sprawdź jakie informacje dotyczące budowy ludzkiej insuliny dostępne są bazie Uniprot.

Zadanie 6

Znajdź pełnej długości sekwencję cDNA (mRNA) kodującą dehydrogenazę GAPDH (glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase) z zarodźca sierpowego (Plazmodium falciparum; pierwotniak wywołujący malarię u ludzi).

Ile par zasad zawiera? Na którym chromosomie leży odpowiadający jej gen?

Źródło: „http://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php?title=TI/Pracownia_wykorzystania_zasobów_internetowych/BAZY_SEKWENCJI_NUKLEOTYDOWYCH_–_GENBANK&oldid=2211”