TI/Pracownia wykorzystania zasobów internetowych/BAZY STRUKTUR MOLEKULARNYCH – PROTEIN DATA BANK (PDB)

Z Brain-wiki

http://www.pdb.org/pdb/home/home.do

Zadanie 1

Wpisz w okienku wyszukiwania kod PDB 3CLN.

  1. Jakiego białka z jakiego organizmu dotyczy wyszukana struktura?
  2. Jaką metodą i z jaką rozdzielczością została wyznaczona?
  3. Ile łańcuchów polipeptydowych zawiera? Czy zawiera ligandy?
  4. Obejrzyj jej file PDB. Kiedy struktura trafiła do bazy? Jaką funkcję pełni białko, którego strukturę oglądasz? Z jakich części składa się file PDB?
  5. Na stronie głównej PDB znajdź link do „przewodnika po PDB File” (Tools => File Formats => PDB File Format => http://www.wwpdb.org/docs.html).
  6. Czy z komentarzy wynika, że białko wiąże jony wapnia? Wskazówka: przeczytaj REMARK 800.
  7. Ile jonów wapnia i cząsteczek wody występuje w strukturze? Wskazówka: patrz HET, FORMUL, HETATM. Sprawdź w opisie filu PDB co dokładnie znaczą te noty.
  8. Które reszty aminokwasowe biorą udział w wiązaniu jonów wapnia? Czy potrafisz zidentyfikować atomy biorące udział w tych wiązaniach? Jakie są odległości między atomami białka a jonami wapnia? Wskazówka: patrz LINK i SITE.
  9. Dużą część filu PDB zajmuje szczegółowy opis współrzędnych atomowych (ATOM). Wyjaśnij znaczenie poszczególnych pozycji linii opisu.
  10. Dlaczego lista współrzędnych atomowych białka zawiera residua 5-147 (ATOM), a część sekwencyjna 1-148 (SEQRES)? Wskazówka: przeczytaj REMARK 465.

Zadanie 2

Wpisz w okienku wyszukiwania kod PDB 1CFC.

  1. Jakiego białka z jakiego organizmu dotyczy wyszukana struktura?
  2. Jaką metodą została wyznaczona?
  3. Ile zawiera różnych konformerów? Obejrzyj te konformery. Który fragment łańcucha jest „sztywny”, a który „ruchliwy”?
  4. Obejrzyj file PDB (może być sam „header”)

Zadanie 3

Porównaj powyższe struktury kalmoduliny. Wskazówka: Użyj zakładki Compare Structures w Tools.

Zadanie 4

Znajdź wszystkie struktury ludzkiej trypsyny (wpisz w okienko wyszukiwania: human trypsin).

  1. Ile struktur otrzymałaś/eś? Czy wszystkie dotyczą trypsyny człowieka?
  2. Przeprowadź wyszukiwanie wpisując nazwę enzymu w cudzysłowie („human trypsin”). Ile struktur zostało znalezionych tym razem? Zidentyfikuj numer EC trypsyny
  3. Przeprowadź wyszukiwanie zaawansowane (Advanced Search) struktur ludzkiej trypsyny posługując się numerem EC enzymu i nazwą organizmu, z którego pochodzi (homo sapiens). Ile tym razem struktur otrzymałaś/eś? Wytłumacz dlaczego w poprzednim wyszukiwaniu było ich mniej.
  4. Wejdź do opisu struktury 1TRN. Czy występują w niej ligandy? A zmodyfikowane aminokwasy? Obejrzyj jak wyglądają. Ile łańcuchów polipeptydowych zawiera struktura? Jakiej są długości?
  5. Obejrzyj wykres Ramachandrana dla tej struktury. Co możesz powiedzieć o jakości oglądanej struktury na jego podstawie? Wskazówka: wejdź w zakładkę Geometry.
  6. Przejdź do filu PDB. Ile zmodyfikowanych reszt występuje w strukturze? Podaj ich numery.
  7. Ile mostków disiarczkowych zaobserwowano w strukturze? Czy łączą ze sobą poszczególne łańcuchy? Wskazówka: patrz SSBOND
Źródło: „http://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php?title=TI/Pracownia_wykorzystania_zasobów_internetowych/BAZY_STRUKTUR_MOLEKULARNYCH_–_PROTEIN_DATA_BANK_(PDB)&oldid=2214”