Tekst źródłowy strony TI/Pracownia wykorzystania zasobów internetowych/BAZY SEKWENCJI NUKLEOTYDOWYCH – GENBANK

==Zadanie 1==
Jakie są różnice między genami i genomami pochodzącymi z organizmów prokariotycznych i eukariotycznych.?
==Zadanie 2==
Przejdź na stronę '''GenBanku''' (na stronie głównej NCBI [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/]  wybierz '''''Nucleotide''''' w okienku '''''Popular Resources''''', alternatywnie w okienku wyszukiwania wybierz '''''Nucleotide'''''). W okienku wyszukiwania wpisz '''X01714''' (GenBank ID). Odpowiedz na pytania: 
<ol type="a"><li>Z jakiego organizmu pochodzi wyszukana sekwencja i jakiego jest typu (RNA, DNA)? 
<li>Co koduje? Ile par zasad zawiera? 
<li>Jakie jest położenie promotora? W którym miejscu rozpoczyna się transkrypcja? 
<li>Ile sekwencji kodujących zawiera? Która koduje znane białko? </ol>
''objaśnienia skrótów'':  '''RBS''' &mdash; Ribosome Binding Site, '''CDS''' &mdash; CoDing Segment
==Zadanie 3 ==
Wyszukaj informację na temat sekwencji '''AF018430'''. 
<ol type="A"><li> Z jakiego organizmu pochodzi?
<li> Z jakim genem jest związana? Czy zawiera pełen gen?	
<li> Na którym chromosomie znajduje się gen zawierający wyszukaną sekwencję?
<li> Ile różnych sekwencji zawartych w GenBank potrzeba do rekonstrukcji genu i sekwencji mRNA kodującej białko?
<li>Ile różnych wersji mRNA powstaje w wyniku alternatywnego splicingu. Jakie są ich produkty białkowe?
<li> Jaki fragment wyszukanej sekwencji to ekson? Czy występuje on w obu wersjach CDS? </ol>
''Oznaczenia: znak „<” na początku formuły dotyczącej opisu sekwencji danego obiektu (gene, mRNA) oznacza, że gen może zacząć się prze oznaczoną pozycją; znak „>” na końcu formuły oznacza, że gen może rozciągać się za oznaczoną pozycję.''
==Zadanie 4==
Wyszukaj informację na temat sekwencji '''AB001981'''. Odpowiedz na pytania:
<ol type="A"><li> Z jakiego organizmu pochodzi sekwencja? 
<li> Ile genów zawiera sekwencja? Jakie białka kodują te geny? 
<li> Ile eksonów zawiera każdy z genów? Jakim fragmentom sekwencji odpowiadają? 
<li> Jaką trójką nukleotydową zaczyna się i kończy każdy z regionów CDS? 
<li> Obejrzyj sekwencję w modzie graficznym.</ol>
==Zadanie 5==
Wyszukaj informacje dotyczące genu kodującego ludzką insulinę. Przy konstrukcji zapytania użyj odpowiednich tagów lub ogranicz wyszukiwanie do konkretnych obszarów. Pomocny może być opis obszarów wyszukiwania i odpowiadających im tagów (kliknij na zakładkę '''''HELP''''' na stronie GenBank i wyszukaj '''''Search Field'''''). 
Odpowiedz na pytania:
<ol type="A"><li> Z ilu sekwencji zdeponowanych w bazie GenBank składa się poszukiwany gen? Jakie są ich numery ID (ACCESSION)? Które nukleotydy tworzą gen?
<li> Jaki jest numer ID poszukiwanego genu?
<li> Na którym chromosomie leży gen inuliny? 
<li> Co możesz powiedzieć o modyfikacjach postranslacyjnych pierwotnego produktu białkowego na podstawie opisu genu? </ol>
Sprawdź jakie informacje dotyczące budowy ludzkiej insuliny dostępne są bazie Uniprot.
==Zadanie 6==
Znajdź pełnej długości sekwencję cDNA (mRNA) kodującą dehydrogenazę GAPDH (glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase) z zarodźca sierpowego (''Plazmodium falciparum''; pierwotniak wywołujący malarię u ludzi). 

Ile par zasad zawiera? Na którym chromosomie leży odpowiadający jej gen?