SVAROG i empi

Z Brain-wiki

⬆ SVAROG

Svarog elektrowlosy EEG transp.png

Svarog (Signal Viewer, Recorder and Analyzer on GPL) to tworzony na Wydziale Fizyki UW i w firmie BrainTech program do wyświetlania i analizy wielozmiennych sygnałów (głównie elektrofizjologiczych), dostępny na licencji GPL. Jest to prawdopodobnie najlepsza w świecie FOSSS przeglądarka EEG, której interfejs dopasowano do preferencji elektroencefalografistów. Ponadto, w ramach Funduszu Inicjatyw Dydaktycznych UW, program uzupełniono o implementacje wykorzystywanych w analizie EEG metod, których samodzielne programowanie nie mieści się w ramach ćwiczeń, jak np. transformacja falkowa, STFT, ICA, DTF i matching pursuit. Potrzebne do korzystania z programu skompilowane pliki znajdują się w "artefakcie" na stronie https://gitlab.com/fuw_software/svarog4/-/releases


Svarog FFT.png

empi

Jednym z poleceń, które znajdziemy w menu Svaroga, jest dekompozycja wybranego odcinka sygnału algorytmem matching pursuit. Ta funkcja technicznie różni się od pozostałych, gdyż wywołuje zewnętrzny program empi, napisany w C++ ze wsparciem dla GPU, a nie w Javie, więc musi być kompilowany dla konkretnych systemów operacyjnych. Dlatego w podfolderach folderu svarog/mp znajdziemy binaria programu empi, skompilowane dla najważniejszych systemów. Aby wybrać właściwą wersję, należy uruchomić w Svarogu opcję "Preferences" z menu "Tools", gdzie w zakładce "Tools" znajduje się możliwość skonfigurowania ścieżki do właściwego kompilatu empi.

Nawet po prawidłowym skonfigurowaniu ścieżki, pierwsze uruchomienie dekompozycji MP z poziomu Svaroga może zwrócić błąd. Wynika on stąd, że, podobnie jak sam Svarog, program empi również nie pochodzi ze "znanego systemowi" źródła, w związku z czym stanowi potencjalne niebezpieczeństwo. Dlatego przed pierwszym wywołaniem tej funkcji z poziomu Svaroga trzeba najpierw uruchomić sam program empi i udzielić odpowiedniej zgody — w przypadku systemu MacOS wymaga to np. otwarcia okna ustawień systemowych i wyrażenia odp. zgody w zakładce "prywatność i ochrona".

empi do pracy wsadowej

Empi w badaniach naukowych wykorzystujemy zwykle do dekompozycji sygnałów, której wyniki (czyli parametry dopasowanych do sygnału funkcji Gabora) zapisujemy w plikach z rozszerzeniem .db czyli bazach danych struktur. Pliki te mogą być wczytywane do Svaroga w celu wyświetlenie dekompozycji w przestrzeni czas-częstość, ale często pracujemy też bezpośrednio na parametrach dopasowanych do sygnału funkcji. Przykładowe skrypty w Pythonie i Matlabie dostępne są pod adresem https://github.com/develancer/empi/tree/master/demo


IDE4EEG

https://gitlab.com/fuw_software/ide4eeg



Literatura



⬆

Źródło: „http://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php?title=SVAROG_i_empi&oldid=11900”